La synagogue de Fribourg-en-Brisgau, inaugurée en 1870, a été détruite en 1938 lors de la nuit de Cristal comme la plupart des autres lieux de culte juif en Allemagne.
Fribourg-en-Brisgau est une ville allemande du Land de Bade-Wurtemberg et compte actuellement près de 215 000 habitants. De 1679 à 1697, la ville a été sous souveraineté française.
Certains documents attestent de la présence de Juifs à Fribourg-en-Brisgau depuis le Moyen Age. Des Juifs sont emprisonnés en 1230 par le commandant de la ville, mais sont libérés par le roi Henri VII. En 1281, Rodolphe Ier de Bade-Bade prélève des taxes sur les Juifs de la ville. En 1300, le comte de Fribourg ratifie les anciens droits de la communauté juive de Fribourg. En 1310, les taxes levées sur les Juifs par les bourgeois de Bâle sont restituées au comte de Bade-Bade qui octroie des privilèges aux Juifs. À cette période, il y a 15 maisons possédées par des Juifs près de la synagogue et dans les rues alentour, chacune partagée par plusieurs familles. En 1326, on compte huit familles juives engagées dans le prêt d'argent et le contrôle du négoce des grains. Pendant la Peste noire, la communauté juive est accusée d'avoir empoisonné les puits. Tous ses membres, à l'exception des femmes enceintes et des enfants, périront sur le bûcher le 30 janvier 1349 après un mois d'emprisonnement. Les biens des Juifs sont confisqués et les enfants sont baptisés.
En 1359, l'empereur Charles IV autorise les comtes à réinstaller des Juifs à Fribourg. En 1373, le médecin Maître Gutleben est autorisé à s'y installer. Quelques Juifs reviennent dans la seconde moitié du XIVe siècle, bénéficiant de lettres de protection, mais les conditions se détériorent avec la "Loi juive" publiée en 1394: Le suzerain autrichien oblige les Juifs à porter un costume spécial, avec un manteau et un chapeau de couleur terne, il leur interdit de sortir de chez eux pendant la Semaine sainte et de regarder les processions religieuses et impose un taux d'intérêt hebdomadaire de 0,83 pour cent. Les Juifs sont expulsés une première fois en 1401, puis définitivement en 1424, mais les Juifs continuent de vivre dans les villages et villes alentour. En 1453, ils ont l'interdiction de faire du commerce dans la ville.
À l'exception d'une courte période pendant la Guerre de Trente Ans (1618-1648), où les fournisseurs juifs des armées sont autorisés à s'installer à Fribourg, il faudra presque quatre siècles et la libéralisation due à l'annexion de la ville par le Pays de Bade en 1805, pour que de nouveau des Juifs s'établissent progressivement à Fribourg. Après leur émancipation en 1862, de nombreux Juifs des villages alentour, s'installent dans la ville. La population juive croît de 333 personnes en 1871, à 1 013 personnes en 1900 et 1 320 en 1910 pour une population totale de 83 324, soit 1,6 pour cent de la population totale de la ville. Leur nombre culmine en 1925 avec 1 399 personnes.
Une nouvelle communauté juive est créée en 1864, et une synagogue est construite dès 1870. La communauté de Fribourg dépend dans un premier temps de la synagogue d'arrondissement de Vieux-Brisach (Breisach am Rhein), avant que le siège du rabbinat de l'arrondissement ne soit transféré en 1885 à Fribourg même. En 1873, la communauté ouvre un cimetière juif et en 1874, un orphelinat juif. Son premier Grand-Rabbin, Adolf Lewin (1843-1910) est le premier historien des Juifs du Pays de Bade. En 1895, se forme une communauté orthodoxe séparée, et au début du XXe siècle, se dessine un renforcement du mouvement traditionaliste par rapport au judaïsme libéral.
Les Juifs sont particulièrement actifs dans la banque, l'industrie et deviennent rapidement une puissance économique et intellectuelle de la ville. Pendant les quelques dizaines d'années de leur présence, les Juifs ont créé et dirigent une dizaine d'usines, dans le domaine alimentaire, les meubles, le carton, la fabrication de cigares et une entreprise pharmaceutique. Ils sont aussi à la tête de plusieurs distilleries. Parmi les entreprises commerciales, ils possèdent entre autres des commerces de vêtements, de quincaillerie, de cuir, de maroquinerie, de fournitures d'article de boucherie, des magasins d'alimentation et de meubles, ainsi que le grand magasin Knopf avec des filiales dans toute l'Allemagne du sud. Avant 1933, on compte une douzaine de médecins juifs, des dentistes, des avocats et des professeurs de faculté.
Les Juifs qui ont été admis à l'Université de Fribourg-en-Brisgau depuis la fin du XVIIIe siècle, et malgré un antisémitisme latent, représentent environ 10 pour cent de la totalité des étudiants, principalement à la faculté de médecine. Chaim Weizmann, le futur président de l'état d'Israël, a obtenu son doctorat en chimie à l'université en 1899. Parmi les personnalités de la communauté juive ayant professé à l'Université de Fribourg-en-Brisgau, on peut citer: le médecin Ernst Bloch, professeur d'otologie; Bernhard von Simson, historien, professeur de 1874 à 1905; Heinrich Rosin, avocat constitutionnaliste, professeur de 1888 à 1919; l'historien d'art Walter Friedlaender, professeur à l'Université de Fribourg-en-Brisgau de 1914 à 1933; le chimiste hongrois et futur prix Nobel George de Hevesy, professeur de 1926 à 1930; Edmund Husserl, philosophe qui se verra interdit de bibliothèque en 1933 et radié en 1936; Hermann Kantorowicz, juriste, professeur à Fribourg-en-Brisgau de 1923 à 1929, radié du corps des enseignants en 1933; l'économiste Robert Liefmann; le juriste, Otto Lenel; Fritz Pringsheim, papyrologiste; le biochimiste Siegfried Tannhauser; le médecin et biologiste Hans Adolf Krebs, futur prix Nobel.
En juin 1933, on compte 1 138 Juifs à Fribourg, soit environ 1,5 pour cent de la population.
Dès l'avènement des nazis au pouvoir, de nombreux Juifs quittent la ville. Les 21 professeurs juifs de l'université sont démis de leurs fonctions entre 1933 et 1935. Dans un premier temps, le nombre d'étudiants juifs est réduit de 183 à 54, avant que ceux-ci soient totalement bannis. En novembre 1938, les sociétés et les commerces juifs ont pratiquement tous été aryanisés. La communauté juive se mobilise pour venir en aide aux plus malheureux. Afin d'aider à l'émigration des cours d'anglais et d'hébreu sont offerts. Pendant la période nazie, 657 Juifs de Fribourg réussissent à émigrer, 200 vers les États-Unis; 100 vers la Palestine; 100 vers la France, 70 vers la Suisse et 70 vers l'Angleterre. 30 de ces émigrants seront arrêtés et envoyés à la mort quand les troupes allemandes pénètreront en France.
Le 28 octobre 1938, tous les Juifs polonais sont expulsés vers la frontière polonaise. Lors de la nuit de Cristal, la synagogue est détruite et 100 hommes juifs sont arrêtés et envoyés au camp de concentration de Dachau pour une détention prolongée. Deux de ces hommes périront. En mai 1939, il ne reste plus que 474 Juifs à Fribourg. Le 22 octobre 1940, 350 d'entre eux sont envoyés au camp de Gurs en France et 273 d'entre eux périront après leur transfert au camp de concentration de Theresienstadt. Le 23 août 1942, sur les 41 Juifs restant à Fribourg, 20 sont déportés vers le ghetto de Theresienstadt.
Pendant la guerre, Gertrud Luckner, à la tête de l'association catholique Caritas va s'évertuer à sauver des Juifs. En 1966, Yad Vashem la reconnaitra comme Juste parmi les nations.
Après la Seconde Guerre mondiale, 15 survivants retournent à Fribourg, rejoints en 1945 par 78 Juifs déplacés. En 1950, la communauté compte 58 membres, 111 en 1960, 225 en 1968 et 381 en 1977, 214 en 1983 et 700 en 2005. Cette forte progression est due à l'arrivée de nouveaux émigrants en provenance de l'ancienne Union Soviétique. Une nouvelle synagogue est inaugurée en 1953.