Dans les années 1980, avec l'arrivée de l'autoroute A35 en 1989, un grand centre de dédouanement voit le jour, la Borne 9. La plateforme TIR, son nom usuel, est un espace de 17 hectares. On y trouve un parking pour les poids-lourds d'environ 300 places et des bureaux de douane. Cette aire est caractérisée par 3 grands poteaux noirs. De 1989 à 2007, après l'A35, les automobilistes arrivaient directement à Bâle. Depuis le 8 mai 2007, la Tangente Nord de Bâle, d'environ 4 km, a été inauguré. Il s'agit de l'autoroute la plus chère au monde (1 mètre de route = 800 000 €) en raison de la création d'un pont pour enjamber le Rhin. Mais ce pont se situe en dessous d'un autre pont appartenant à la ville de Bâle et très célèbre.
En 2007, un péage est instauré pour les poids-lourds en Allemagne, le LKW-Maut. Pour éviter de payer cette taxe de passage sur la Bundesautobahn 5, les poids-lourds préfèrent aller sur l'A35 (étant donné que les 2 autoroutes sont parallèles entre elles sur plus de 50 kilomètres). En 2008, on assiste à des bouchons énormes de presque 10 kilomètres en raison de la grande affluence de camions. Pour lutter contre ce problème, Jean Ueberschlag a pris la décision (en attendant la taxe Bur qui fera aussi un péage pour les poids-lourds mais en France) de vouloir mettre l'A35 en 2X3 voies, de finir complètement la 37 (Saint-Louis) et enfin de créer un pré-parking avant la plateforme TIR.
Plusieurs routes départementales passent à Saint-Louis comme la D66. En cours.
L'aéroport de Bâle-Mulhouse, situé à moins de trois kilomètres à vol d'oiseau de la ville, est le 5e de France par le nombre de passagers et 2e pour le fret. Son trafic s'est stabilisé depuis 2007, oscillant autour de 4,2 millions de passagers annuels. Toutefois, l'arrivée du TGV-Est a provoqué une baisse de 17,0% pour la liaison Paris - Bâle, en raison de l'abandon par EasyJet de la ligne, le nombre de passagers s'établissant à 584 000 sur l'année 2007. Plus de cent destinations sont desservies, essentiellement en Europe.
Depuis le 27 juin 2001, une navette (Ligne 50 de la BVB) relie le côté suisse de l'aéroport à la Gare de Bâle CFF. Le 14 janvier 2008, Saint-Louis a fait de même en reliant le côté français à la Gare de Saint-Louis avec la Ligne 11 de Distribus. Avec l'arrivée de la LGV Rhin-Rhône en 2011, et l'éventuelle création d'une gare dans l'aéroport même, l'aéroport augmente sans cesse son nombre de passagers.
Pour certains vols longs courriers, un service d'avions réguliers effectue la liaison avec l'Aéroport de Zurich qui est l'un des principaux hubs européens. La compagnie aérienne à bas prix EasyJet assure 51% du trafic régulier, soit 44% du trafic total à elle seule en 2006.
La Gare (actuel) de Saint-Louis a été créée en 1910. Actuel puisqu'une ancienne gare, hors-service désormais, a été créée en 1840, lors de la création de la ligne ferroviaire Strasbourg-Bâle.
Avec la venue de la LGV Rhin-Rhône, il est probable qu'une gare serait créée dans l'aéroport.