Le Pont de Gien se compose de 12 arches d’inégales grandeurs s’appuyant sur 11 piles très fortes et deux culées d’extrémité. D’un aspect monumental, il est construit en pierres de taille et moellons piqués quoique plusieurs voûtes et tympans soient composées de matériaux de petites dimensions.
Ce pont a une longueur totale de 282,16 mètres entre culées.
L’ouverture des arches est de l’arche 1 en rive gauche à l'arche 12 en rive droite de : 13,71 m, 14,72 m, 14,81 m, 14,65 m, 14,70 m, 14,42 m, 19,19 m, 20,59 m, 20,69 m, 13,47 m, 20,13 m, 17,90 m.
Les voûtes sont en anse de panier et en plein cintre.
Il supporte une chaussée de deux voies de circulation d'une largeur totale de 5,75 m et de deux trottoirs de 1 m de large renfermant plusieurs réseaux : eau, électricité, télécommunication, gaz.
Les parapets de 0,46 m de large et 1,15 m de haut sont en pierre de taille.
La déclivité du profil en long, sensiblement constante, est de 1,95% côté rive gauche et de 5,31 % côté rive droite, formant ainsi un dos d’âne fortement prononcé et dissymétrique.
Une partie des pierres constituant l’ouvrage proviennent de carrières de Briare et on a constaté que dans les anciennes maçonneries, les pierres reconnues comme provenant de Briare sont très gélives. C’est pourquoi en 1871 lors de la reconstruction des arches 6 et 7, il a été préféré les pierres de Souppes-sur-Loing (Seine-et-Marne). En 1941 et 1945 pour la réparation des arches 1, 2, 7, 8 et 9, les pierres proviennent de Cargoloin (Yonne), Carrière Barberey Fleury.
L’arche 7 a été reconstruite en 1941 en béton armé. Elle est constituée d’une voûte de 6,80 m de large et d’épaisseur 1,20 m aux naissances et 0,90 m à la clef en béton à 250 kg de ciment. Un faux tympan en béton armé avec contreforts reprend les efforts du remblai. Les murs de tête en maçonnerie de 0,90 m de large sont indépendants de la voûte en béton armée et séparés par un vide de 2,5 cm. Les voussoirs ont une épaisseur alternativement de 0,90 m et 0,65 m. Les moellons des parements ont les dimensions suivantes : 0,14 x 0,30 x 0,40 m.
L’arche 8, reconstruite en 1945, a été réalisée suivant le même principe.
La demi-voûte aval de l’arche 9 réparée en 1944 a également été faite en béton. Le tympan amont de l’arche 9 est réalisé en moellons équarris et pierres taillées de petites dimensions, liaisonnés par un mortier de chaux. Il a été recouvert d’un enduit en mortier de ciment. L’enduit est instable sur 50 % de sa surface et les joints en mortier de chaux sont humides et friables avec une très faible résistance.
Une auscultation des superstructures en juillet 1983 a permis de connaître la constitution des clefs de voûte des arches 2 et 10.
Un carottage réalisé en 1983 a permis de connaître les caractéristiques des piles . La chaussée et le remblai représentent une hauteur de 1,30 m. Le remplissage du centre de la pile est fait à l’aide d’une maçonnerie grossière de petits blocs de pierre calcaire et parfois de silex, sur une épaisseur de 5,30 m. La base de la pile est constituée d’une maçonnerie de pierres calcaires en général plus grosses avec un mortier de chaux de bonne qualité.
Au sommet du dos d’âne est implantée une croix dédiée à Saint Nicolas, patron des mariniers.