Alpha Phi Alpha déclara 2006 l'année de son «Ère du Centenaire» pour préparer son Centenaire, cadrée par le slogan «Premier de tous, Servants de tous, Nous transcenderont tout». Ces préparatifs ont consisté en évènements et activités se déroulant sur tout le territoire des USA, incluant des travaux universitaires et intellectuels, des expositions, des conférences, des travaux artistiques et des expositions musicales, la production de films et de vidéos et une Convention du Centenaire les 25-30 juillet 2006, à Washington D.C.
Le Coup d'envoi de la Célébration du Centenaire de 2006 fut lancé avec le pèlerinage à l'université Cornell le 19 novembre 2005. Cet évènement amena 700 membres de la fraternité qui se rassemblèrent pour un long programme d'un jour. Les Membres voyagèrent d'un bout à l'autre du campus et inaugurèrent un mémorial du centenaire dédié à Alpha Phi Alpha. Le mémorial – un mur en forme de J en mémoire aux Jewels – est équipé d'un banc et d'une plaque et est situé en face du Hall Barnes de l'université.
(en)« Alpha Phi Alpha Men: A Century of Leadership » est un documentaire historique sur un siècle de service et de leadership d'Alpha Phi Alpha. La première du film eut lieu en février 2006 sur PBS dans le cadre du cycle "Célébrer une Communauté : Un hommage aux institutions noires Civiles, sociales et Fraternelles."
« Mr le président, c'est un honneur et un privilège de m'adresser à cette assemblée en cette occasion des plus favorables. En tant que membre de cette fraternité, je ressens une grande fierté à me joindre à la Chambre des représentants des États-Unis pour reconnaître la signification historique du centenaire d'(en)« Alpha Phi Alpha Fraternity, Inc » David Scott »
La Convention du centenaire, appelée réflexions sur un riche passé, regards vers un brillant avenir, a débuté au Capitole avec le discours du membre du Congrès Américain et de la fraternité David Scott à la Chambre des représentants ;
« Cette semaine, ces hommes de toutes disciplines et lieux géographiques confondus se réunissent pour tracer et planifier l'avenir de la fraternité , célébrer son 100e anniversaire, et relancer ses principes fondateurs d'érudition, de camaraderie, de nature généreuse, et d'élévation de l'humanité »
La Chambre des Représentants adopta la (en)« House Concurrent Resolution 384 », votée à l'unanimité (422-0), reconnaissant et honorant Alpha Phi Alpha comme la première fraternité inter universitaire à lettres grecques destinée aux Afro-Américains, pour ses réalisations et ses évènements marquants.
Alpha Phi Alpha utilise des symboles issus de l'ancienne Égypte et emploie des images et des thèmes lyriques décrivant le Sphinx de Gizeh Her-em-akhet, les pharaons et d'autres concepts issus de l'Égypte ancienne pour représenter l'organisation. Par contraste, tout ceci fait ressortir les différences avec d'autres fraternités qui traditionnellement évoquent des thèmes propres à l'âge d'or de la Grèce antique. La référence constante d'Alpha à l'Éthiopie dans les hymnes et les poèmes montrent plus avant l'inspiration profonde qu'Alpha Phi Alpha tire de ses racines culturelles africaines.
L'Alpha frère Charles H. Wesley écrivit :
« La civilisation et l'histoire africaines, le Sphinx, et la tradition éthiopienne donnent un nouveau sens à la confrérie Alpha Phi Alpha, et ceux-ci expliqués aux autres acquièrent une nouvelle signification »
Les Grandes Pyramides de Gizeh, symboles de géométrie fondatrice et sacrée, font partie des autres images choisies pour icônes par Alpha Phi Alpha.
Le 21ème Président Général, Thomas W. Cole, a dit un jour :
« Alpha Phi Alpha doit revenir à ses racines profondes ; alors seulement elle pourra se nourrir jusqu'à l'épanouissement total »
Certains membres de la fraternité entament un pèlerinage vers ses lieux de naissance spirituels égyptiens pour marcher sur le sable du plateau de Gizeh en direction du Grand Sphinx, des Grandes Pyramides et se tourner ensuite vers l'Éthiopie.
« Je me suis tenu derrière le Sphinx en Égypte en juillet pour ma troisième visite là-bas, et j'ai transmis mes vœux à ce personnage historique et silencieux au nom d'Alpha Phi Alpha et ensuite, j'ai traversé le continent en direction de l'Éthiopie. »
— Charles H. Wesley, 14e président général d'ΑΦΑ