De 1425 à 1797, l'Université de Louvain fut le grand centre culturel et de transmission du savoir dans les Pays-Bas du sud.
Son fondateur fut le duc Jean IV de Brabant.
Toutefois, à part le livre de Nicolas Vernulaeus (1627) et celui de Valère André (1635), peu d'ouvrages lui ont été uniquement consacrés, ce qui fait que son histoire réelle est mal connue ou d'accès difficile à travers des articles épars dans diverses revues.
L'université de Louvain, a également joué un grand rôle dans la propagation et le maintien en usage de la langue et d'une littérature latine nationale. Comme l'écrit Jozeph IJsewijn, professeur à la Katholieke Universiteit Leuven, "le latin a survécu comme langue de l'Université de Louvain jusqu'à la Révolution française, mais la suppression de cette institution en 1797 fut une catastrophe pour le latin dans les Pays-Bas du Sud".
L'Université de Louvain fut également, avec Baïus et Jansénius le berceau du Jansénisme et resta durant les XVIIème et XVIIIème siècles jusqu'à sa fermeture le grand centre de la théologie augustinienne dite janséniste en Europe avec des professeurs comme Jansenius, Pierre Stockmans, Néercassel, Josse Le Plat et surtout le fameux Van Espen et son disciple Febronius, et comme le dit H. Francotte: « le jansénisme régnait en maître à l'université de Louvain ».
XVe siècle
Le 9 décembre 1425, un prince français (de la Maison de Valois), Jean de Bourgogne (1403-1427) duc de Brabant (Jean IV de Brabant), assisté de ses ministres Englebert de Nassau et Émond de Dynter, fonda à Louvain du consentement du pape Martin V, une université qui comprendra les facultés des arts, des deux droits et de médecine sans toutefois recevoir la permission d'enseigner la théologie. Les premiers professeurs y furent envoyés des Universités de Paris et de Cologne.
Malgré l'opposition du chapitre Saint Pierre, le premier recteur est Guillaume Neefs (Guillielmus Naevius), doyen du chapitre..
1426: La première leçon fut donnée le 1er septembre 1426.
1431 : Philippe le Bon, duc de Brabant, comte de Flandre, comte de Hainaut et duc de Bourgogne demande au Pape Eugène IV la création d'une faculté de théologie pour l'université de Louvain qui donne son accord en 1432 ce qui n'avait pas été accordé dans sa première institution.
Albertus Risaeus, participa au mouvement en faveur de la Réforme au sein de l'Université de Louvain. Il s'enfuit en Hollande
Gérard Mercator, actif dans les mouvements protestants de Louvain il fut arrêté par l'Inquisition en même temps qu'un groupe de louvanistes. Il s'enfuit en Allemagne à Duisbourg où il se rendit célèbre par sa production de cartes géographiques.
XVIIe siècle
1617 : la « Visite », première loi organique sur l’enseignement supérieur en Belgique, promulguée par les archiducs Albert et Isabelle, consolide l’autorité et l'indépendance de l'université et lui donne un statut légal.
1636 : inauguration de la bibliothèque centrale.
1676 : l’université achète le bâtiment de la Halle aux Draps aux autorités de la ville de Louvain.
1687 : création d’une chaire de chimie. Premiers cours donnés en français.
1691 : le professeur Martin van Velden défend ardemment le système copernicien, défend la pensée de René Descartes, critique l’enseignement universitaire. Il finit néanmoins par se soumettre.