Des anciens du Bauhaus, Kleid, Hieronymus ou encore Podovski, font venir Messager à Milwaukee où se trouve au sein de l'université locale, la Wilbur and Margaret Davies School of Architecture. La réputation de l'école n'est pas grande et souffre de la concurrence de Chicago. Messager y donne un cours aujourd'hui rassemblé et publié en anglais, avec des notes de cours en français. Il réalise son dernier travail sur le campus lui-même en signant en 1972 le bâtiment du Gaude Mihi Museum. A la suite d'un malaise cardiaque en 1975, Messager qui est désormais titulaire d'une tenure, abandonne l'enseignement et rentre en Europe. Il décède deux ans plus tard à Lyon, dans l'indifférence. Un article d'hommage paraît un mois plus tard dans le New York Times. En décembre 2001, le magazine Architecture Digest publie une enquête auprès de plusieurs centaines d'architectes et designers américains et européens sur les dix maîtres du XXèmes siècle ayant le plus d'influence sur leur travail, Messager y apparaît en cinquième position.
Ce n'est qu'en 1937 que la présence de Messager est certifié dans le pays basque. Il y construira deux maisons de maître. La première à Anglet, détruite par un incendie en 1943, n'est pas connue. Une seule photo, prise depuis l'extérieur vers des personnes à l'identification controversée, permette de deviner une terrasse classique dans le travail de l'architecte. Il serait possible que les personnes soient Jacques Rigaut, sa femme et Pierre Drieu la Rochelle.
Le seconde travail de la période basque, situé à l'entrée de Biarritz sur la route de Saint-Jean-de-Luz et achevé à l'été 1939, a connu un destin étrange. Construite sur vérin, ses panneaux de bois, de papier et d'aluminium qui se dédoublent sont admirés par les Parisiens qui fréquentent la côte, les témoignages sont nombreux et Cocteau comme Picasso entrent en contact avec Messager pour passer commande. La guerre remet à plus tard ces projets. La propriétaire de la maison, Agata Ocampo, de la célèbre famille Ocampo, fait démonter la maison pièce par pièce et projette de la reconstruire sur le site de Pechon, en Cantabrie. La villa Ocampa restera dans des caisses sur place jusqu'en 1950 où elle sera transportée en Argentine, à bord du Pasteur. La villa est enfin remontée, avec l'aide de Messager invité par Agata Ocampo, sur le site de La Plata où un jeu de photographies témoigne de sa parfaite intégration sur le terrain choisi. Peu après la mort d'Agata Ocampo, la maison est à nouveau démonté par son acquéreur, Jose Pablo Hammer qui projette de la ré-installer à Punta del Este, en Uruguay, de l'autre côté de l'estuaire. Il ne reste de cet épisode que les documents de douanes, qui attestent du passage des éléments. Mais la villa ne sera jamais à l'endroit projeté et des apparitions de la Villa Ocampo, canulars ou pistes plus sérieuses, se chiffrent aujourd'hui par dizaines. La présence de Messager, de moins en moins actif, assez isolé après la mort d'Agata Ocampo semble plausible en Argentine jusqu'en 1958. Les années de guerre passées en France et en Algérie ne laissent pas de témoignages importants de sa carrière. Messager a travaillé au moins deux ans aux services d'urbanisme de la ville d'Oran, sans qu'il soit possible de déterminer la nature de ce travail.
En février 1998, Jerry Cohn interpelle le département des archives de la CIA dans sa chronique NYDesign (The Village Voice). La CIA possèderait, selon J. Cohn, les plans de la célèbre Maison Centrale des Enquêtes du NKVD, redessinés de mémoire par Messager dans les années 1960 afin d'obtenir un titre de séjour définitif aux États-Unis. La CIA se contente de déclarer que le dossier Messager ne relève pas encore, d'après la loi en vigueur, des archives pouvant faire l'objet d'une levée du secret défense.