Anciennement, le traitement reposait essentiellement sur l'isolement du milieu familial. Mais, faute de preuves scientifiques de son intérêt, il n'est plus pratiqué. L'hospitalisation, lorsqu'elle est nécessaire, a pour objet d'aider à la reprise de poids. Pour ce faire, la (le) malade est idéalement accompagné(e) par une équipe comprenant un médecin, une diététicienne et un(e) psychothérapeute. La prise en charge doit permettre d'engager un travail psychothérapeutique qui vient donner du sens aux symptômes et proposer des solutions. La peur de grossir pourra alors se résorber, voire disparaître. Une prise en charge spécialisée est généralement nécessaire. Elle doit être multi-disciplinaire : médicale, psychothérapeutique et/ou éducative et nutritionnelle. La principale difficulté est le refus du traitement, par peur de prendre du poids et de devenir obèse. Il faut aider la/le patient(e) à prendre conscience qu'il souffre d'une maladie qui peut se soigner.
Le traitement consiste à engager le dialogue avec l’adolescent/e par un travail vers une ré-alimentation et une reprise de poids. Un médecin généraliste assure alors en parallèle, le suivi du poids et de l’état de santé. Dans les cas graves, une hospitalisation est nécessaire : elle permet souvent à la jeune fille de nouer d’autres relations et de développer le sentiment, qui leur est étranger, d’exister par elle-même. Les parents peuvent également être soutenus dans un cadre psychothérapeutique familial.
Dans tous les cas, une approche nutritionnelle est indispensable. Il est important de noter, que dans les faits, aucune thérapie ne peut être entreprise avant que la patiente ait pu atteindre un certain poids, qui lui permettra de bien comprendre les concepts présentés. Et c'est ce que préconise la nouvelle méthode de Maudsley. Originaire d'un hôpital britannique, cette méthode semble obtenir des résultats favorables, plus particulièrement chez une clientèle de jeunes anorexiques dont l'âge se situe entre les 11-14 ans. Elle permet de réduire la mortalité et d'assurer le traitement de la dénutrition. Ce qui différencie cette méthode est l'implication importante des parents dans le plan de traitement, ce qui était impensable, il y a une trentaine d'années, ou, au contraire, on retirait la personne malade de son milieu familial.
Par contre, dans certains cas extrêmes, des moyens de réalimentation sévère seront nécessaires (sonde naso-gastrique). Dans d'autres cas qui mettent en cause des adolescentes plus âgées et des adultes réfractaires à toute forme d'aide mettant sérieusement en jeu leur santé et leur vie, il sera alors nécessaire d'obtenir un mandat de la Cour, afin de permettre une évaluation psychiatrique, qui déterminera si il y a une possibilité d'hospitaliser la personne contre son gré.
Les traitements donnent des résultats positifs, tant sur le plan physique que psychologique plus précisément quand la patiente est traitée à l'intérieur d'une période de quatre ans. Il demande une grande patience aux psychiatres, psychothérapeutes, médecins et pédiatres qui collaborent à la prise en charge. Les rechutes sont la règle, mais après des mois ou des années de lutte commune, l'adolescente, ou l'adulte qu'elle est devenue, pourra s'ouvrir à une plus grande autonomie et à une moindre dépendance à ses conduites alimentaires.
On estime que la guérison est obtenue dans environ 50 % des cas et pour un tiers des cas, les malades gardent plus ou moins de troubles alimentaires, un poids trop bas et une peur de grossir très forte. Les rechutes font partie du traitement, si elles sont considérées uniquement comme des échecs cela conduit à un découragement et des abandons. Elles doivent être travaillées et élaborées en psychothérapie pour qu'elle puissent être intégrées comme une étape du traitement. On estime aussi à 20 - 25 % des cas où l’anorexie mentale persiste. De toutes les façons, les traitements sont à envisager sur le moyen ou long terme. On ne se débarrasse pas de ce type de problématique par des traitements miracles. Les troubles des conduites alimentaires mettent à l'épreuve les processus d'adolescence, la pensée, l'action, la sexuation, l'autonomie, etc. Ils remettent aussi en cause les équilibres et les acquis de l'enfance.
Il n'existe pas de traitement médicamenteux ayant prouvé une quelconque efficacité dans cette maladie.