L'ATE est également active politiquement pour promouvoir une mobilité durable. Son initiative « pour les transports publics », lancée en mars 2009, a déjà récolté 150 000 signatures en novembre 2009. L’ATE demande avec son initiative une répartition plus équitable de la taxe sur les carburants : la moitié serait consacrée aux transports publics, alors que l’autre moitié resterait pour les routes. Actuellement, la proportion est de 25 % pour les transports publics, et de 75 % pour la route.
Pour mener une politique des transports réellement durable, l'Association transports et environnement préconise une mobilité combinée, soit l'utilisation intelligente et complémentaire des différents modes de transport. L'ATE travaille aussi à un développement des infrastructures des transports publics et de mobilité douce et une amélioration de la sécurité routière, par exemple par la campagne « Pedibus - à pied à l'école ».
L'ATE s'est engagée par le passé en faveur de la redevance poids-lourds liée aux prestations (RPLP) et du financement d'importants projets ferroviaires (NLFA, Rail 2000), batailles qui ont abouti à des succès. Par le biais de l'initiative « Rues pour tous », l'ATE est également parvenue à faciliter l'aménagement de zones à 30 km/h dans les quartiers d'habitation.