Microscopes, automates d'analyses médicales, bandelettes, centrifugeuses, aliquotage...
L'examen visuel du liquide prélevé est une première indication importante. Il peut donner une première indication sur l'origine du trouble au biologiste ou au clinicien. L'aspect du liquide conditionne par ailleurs la prise en charge analytique qui suit et la validité des résultats finaux.
L'analyse microscopique est une activité importante du biologiste et du laborantin. Ils ont pour cela recours à de nombreuses colorations différentes (GRAM, MGG, Grocott, Ziehl-Neelsen...). L'immunofluorescence, la cytochimie, l'immunocytochimie et la FISH sont également utilisées afin d'approfondir le diagnostic.
Cette étape permet d'affirmer le caractère « normal », tumoral, inflammatoire voire infectieux du liquide. En effet, l'examen microscopique permet souvent d'identifier un agent infectieux causal, le plus souvent une bactérie, un champignon, une levure, ou encore un parasite, plus rarement un virus.
Les automates d'analyses médicales, par l'association de la robotique et de la spectrophotométrie, ont permis ces dernières décennies une meilleure reproductibilité des résultats des dosages, notamment en biochimie médicale et en hématologie.
Les entreprises du diagnostic in vitro essayent dorénavant de vendre des chaînes d'automates, c'est-à-dire un système permettant le transfert automatique des tubes vers les différents types d'automates de la même marque. Ces systèmes peuvent inclure la gestion automatisée d'une sérothèque.
Ces automates doivent subir des contrôles quotidiens pour garantir un résultat le plus juste possible, on parle de contrôle qualité. Ces automates doivent également subir des maintenances quotidiennes, hebdomadaires et mensuelles.
Une part importante des examens de biologie médicale, essentiellement en microbiologie médicale, utilisent des milieux de culture. Ceux-ci permettent, par exemple, la mise en évidence d'un ou de plusieurs agent(s) infectieux responsable(s) des signes cliniques.