La cryptorchidie est fréquente chez les chiens mâles (jusqu'à 10% chez certaines espèces. Bien que le mécanisme génétique ne soit pas encore cerné, on admet qu'il s'agit le plus souvent d'une pathologie congénitale récessive et probablement polygénétique (impliquant plusieurs gènes). Certains auteurs ont spéculé sur le fait qu'il pourrait s'agir d'une maladie à Transmission autosomique dominante, c'est-à-dire n'impliquant aucun des deux chromosomes X ou Y et donc présente chez les deux sexes, mais ne s'exprimant que chez le mâle, à certaines conditions mais il est peu probable qu'il soit simplement récessif. Chez le chien, les testicules descendent habituellement vers le 10 ème jour après la naissance et on ne considère qu'il y a cryptorchidie qu'après un délais de huit semaines. Le cryptorchidism est bilateral (cause de stérilité) ou unilatéral. Comme chez l'homme le testicule peut être retrouvé en position inguinale ou abdominale (ou les deux à la fois).
Une intervention chirurgicale est possible après repérage du testicule (la palpation suffit généralement) et exploration ultérieure du canal inguinal ou de l'abdomen,mais ce type de correction chez les mâles reproducteurs est jugée contraire à l'éthique zootechnique ;
Comme c'est un trait héréditaire, les chiens touchés ne devraient pas être élevés et devraient être castrés. Les parents du chien touché devraient être considérés comme porteurs de l'anomalie génétique et les éleveur devraient prudemment en tenir compte. Le retrait chirurgical des testicules non-descendus doit être envisagée pour ces chiens en raison du taux élevé de cancer des testicules chez ceux-ci, en particulier tumeurs à cellules de Sertoli. Comparativement au chien normal, l'incidence du cancer testiculaire est 13,6 fois plus élevée chez des chiens dont les testicules sont restés en situation abdominale et la torsion testiculaire est également plus probable avec les testicules non descendus.
Le cryptorchidisme est beaucoup plus rare chez les chats que les chiens Une étude a trouvé 1.9 % de chats mâles non castrés victimes de cryptorchie. ; Le chat persan y serait plus prédisposé. Normalement, les testicules descendent dans le scrotum entre la 6ème et 8ème semaine.
Le marquage du territoire par de l'urine est un indice qu'un chat sans testicules observables peut être un chat non castré. D'autres indices sont la présence de bajoues élargies, d'une peau plus épaisse sur la face et le cou, et la présence d'épines sur le pénis (car elles régressent généralement dans les six semaines suivant la castration).. La plupart des chats cryptorchides ont un testicule bloqué en position inguinale Les tumeurs du testicule et torsion du testicule semblent rares chez les chats touchés par une cryptorchidie, mais la castration est généralement faite, en raison de comportements indésirables tels que le marquage du territoire par l'urine.
Chez les chevaux, la cryptorchidie est assez commune chez les étalons, qui sont alors généralement castrés. Rarement, une cryptorchidie congénitale est suivie d'un cancer du testicule comme un tératome.