En 1949, il publia l'œuvre écrite de sa vie, son mémoire intitulé : Economic Structure and the Ceremonial Exchange Cycle in Arnhem Land (La structure économique et le cycle d'échange cérémoniel en Terre d'Arnhem). Il reçut plusieurs médailles de sociétés savantes, fut nommé Docteur en Anthropologie de l'Université de Cambridge (1950) et fut admis à la Royal Geographic Society de Londres en 1951. Il devint aussi membre de l' Australian Institute of Aborigenal Studies de Canberra. Cependant ses opposants ne désarmaient pas : on alla jusqu'à lui reprocher d'écrire des articles pour The Australian Women's Weekly (L'hebdomadaire de la femme australienne) : c'était low-brow (« de la basse vulgarisation ») disaient ses collègues high-brow… À cette époque, Thomson divorça (1954), et se remaria avec une de ses collaboratrices. Ils eurent trois enfants.
Russel White, qui fut chargé en juillet 1997 de collationner l'immense collection de Donald Thomson (après l'incendie qui détruisit ses films il avait tenu à en conserver chez lui la plus grande partie) écrivit :" plus j'avançais dans mon inventaire, plus mon respect pour Thomson augmentait: c'était vraiment un homme en avance sur son temps dans bien des domaines...".
La perte de ses films est irréparable, mais sa collection, conservée au Musée Victoria, est maintenant considérée comme l'une des plus importantes et intéressantes du monde. Saluons en passant l'opiniatreté du chercheur qui, dans les pires conditions climatiques, dénué de tout, a pu prélever et conserver de nombreux spécimens d'animaux et de plantes, filmer et photographier en professionnel, mener ses enquêtes socio-ethnologiques, et qui de plus devait développer ses films et ses plaques-photo la nuit, sous la tente ou dans une hutte d'écorce, après des journées épuisantes...
Thomson avait eu la joie, en 1963, de voir les Indigènes Australiens obtenir le droit de vote, et le référendum de 1967 leur accorder (sans contestation possible) l'éligibilité. Il mourut en 1970, et n'eut donc pas connaissance du jugement clôturant en 1971 le "Gove Peninsula lands right case": les Yolngu qui voulaient empêcher la compagnie minière Nabalco de prospecter sur leurs terres avaient été déboutés, au motif que la terre australienne était "res nullius"...Mais l'affaire avait fait grand bruit, l'opinion publique s'était émue. La commission Woodward fut créée, rendit ses conclusions, et l' "Aboriginal Land Rights Act" de 1976 (applicable d'ailleurs aux seuls Territoires du Nord...) fut voté. Enfin, c'est le 3 juin 1992 que la Haute Cour Australienne, rendant son jugement définitif dan la célèbre affaire "Mabo versus Queensland" , reconnut les droits des Indigènes Australiens comme premiers occupants et abolit de facto la notion selon laquelle la terre australienne était "res nullius" ("n'appartenait à personne") avant l'arrivée des Britanniques . Puis en 1997 la commission chargée d'évaluer les dégâts individuels et collectifs causés par la politique officielle de placement forcé des enfants enlevés à leur famille (politique qui aboutit à la Lost Generation ) rendit publiques ses conclusions : c'était un désastre. Et en 1998, le 26 mai, eut lieu le premier National Sorry Day ( Jour de Repentance) Australien, destiné à faire mémoire de tous les sévices dont eut à souffrir la communauté des Indigènes Australiens depuis 177O.
L'action de D. Thomson fut reconnue aussi par des milieux de la "société civile" plutôt éloignés de ce qui fut sa sphère d'activité : la CAMS (Confederation of Australian Motor Sports) décida de créer (comme elle avait créé un "Phil Irving Award" et un "Jack Brabham Award"...), un "Donald Thomson Award" , un prix destiné à récompenser les personnes "qui auraient, par leur action, apporté crédit au sport et à elles-mêmes, en particulier par une action individuelle marquée par l'absence d'égoïsme et la considération envers les autres"...La médaille (ornée d'une carte d'Australie entourée d'un pignon denté, au centre d'un triangle aux côtés convexes évoquant la chambre de combustion d'un moteur rotatif, bordée des deux rameaux d'olivier et portant en gros caractères "Donald Thomson Award") a été décernée depuis 1979 à un organisateur de rallyes particulièrement dévoué à la cause automobile, mais aussi à quatre hommes qui sauvèrent des accidentés, lors de courses automobiles, en les arrachant à leur véhicule en feu...
Autre preuve de reconnaissance (que D. Thomson aurait sans doute davantage appréciée...) : la commémoration du centenaire de sa naissance. Lors du "Donald Thomson Centenary Symposium" qui eut lieu à Melbourne, Graeme Neate (un légiste spécialiste, président du "National Native Title Tribunal") ouvrit la séance du 13 juillet 2001 par un exposé sur "Donald Thomson Legacy and the resolution of Indigenous Land Claims" ( "L'héritage de D. Thomson et l'aboutissement du combat des Indigènes pour leurs terres").
En fait, Thomson, bien avant de devenir à la mode, s'était simplement rendu compte que les Indigènes Australiens (comme l'écrivit le grand navigateur et humaniste James Cook ), "paraissent les plus deshérités du monde, mais en réalité, sont plus heureux que nous, les Européens...".