Contrairement à la plupart des jeux de rôle, EarthBound se situe dans une époque contemporaine. Le jeu parodie la culture occidentale (du Ku Klux Klan aux Blues Brothers en passant par Nessie) et est à de nombreuses reprises absurde ou surréaliste.
Earthbound commence lorsqu'un météore tombe près de Onett, une petite ville paisible, en pleine nuit. Ness part voir de quoi il s'agit et découvre une espèce d'abeille mécanique, Buzz Buzz, qui lui apprend qu'elle vient de dix ans dans le futur, où le monde a été détruit par le terrible Giygas, aussi connu sous le nom du Destructeur Universel, et lui parle d'une légende où trois garçons et une fille le vaincront grâce à la sagesse, au courage, et à l'amitié.
Les ennemis sont visibles sur la carte et les combats s'enclenchent à leur contact. Si l'ennemi est surpris par derrière, cela offrira à Ness et son équipe un tour d'avance, si c'est l'ennemi qui surprend le joueur, il aura un tour d'avance. Si l'adversaire est clairement plus faible que le joueur, le combat se termine automatiquement et les points d'expériences sont directement distribués.
Earthbound reprend les principes classiques des jeux de rôle : il est possible d'attaquer, d'utiliser des pouvoirs psychiques (alias pouvoirs PSI) de différentes natures (d'attaques, de défenses, de soins) coûtant des points psychiques, d'utiliser des objets et de fuir. Le joueur peut également laisser l'ordinateur gérer le combat à sa place.
Les points de vie sont placés dans un compteur. Après une attaque, le compteur diminue progressivement ; ainsi, si un personnage reçoit beaucoup de dégâts, il peut avoir encore le temps d'effectuer une action et ainsi éviter de mourir.
À la fin du combat, des points d'expérience sont distribués. L'argent n'est pas récupéré directement, il est transféré automatiquement dans son compte, compte auquel Ness peut avoir accès en utilisant les guichets ATM disséminés dans le jeu.
L'appui sur la touche A appelle le menu. Plusieurs options sont disponibles, la plupart sont des classiques du jeu de rôle (Objets, Equipement, Statut, Pouvoir PSI), mais deux se rapprochent plus du jeu d'aventure : «Parler à» (Talk to) et «Examiner» (Check) qui permettent d'agir sur l'environnement.
On ne peut transporter qu'un nombre limité d'objets : 10 par personnage. Il est toutefois possible d'en stocker à l'infini auprès de la sœur de Ness.
Le téléphone occupe un rôle important dans le jeu. Il permet d'appeler le père de Ness, ce qui permet de sauvegarder et de récupérer l'argent des combats et d'appeler la sœur de Ness pour qu'elle stocke et délivre ses objets au travers de la compagnie Escargo Express. Il est également nécessaire d'appeler régulièrement sa mère pour que Ness ne devienne pas nostalgique.
L'argent de Ness peut être à deux endroits : en sûreté sur son compte ou sur lui. Pour gérer l'argent du compte, il faut trouver des machines ATM (pour Automatic Teller Machine : distributeur de billets).
Les pouvoirs PSI ont différents niveaux, définis par des lettres grecques (α, β, Ω entre autres). Le nom de l'attaque la plus puissante de Ness est le nom que l'on a donné à notre "chose favorite" au début du jeu (Rockin par défaut). Un pouvoir PSI permet de se téléporter, mais il nécessite un espace assez vaste.
Les villes abritent aussi plusieurs autres installations utiles, telles que les hôpitaux où les joueurs peuvent être guéris pour un certain prix ou les magasins permettant de s'équiper pour augmenter la force et/ou la défense de chaque personnage.