L'église Saint-Guillaume (également appelée Wilhelmskirche en allemand) est une église gothique de Strasbourg, affectée au culte luthérien. Située à la jonction des quai des Bateliers et des Pêcheurs mais légèrement en retrait, elle est remarquable pour sa situation pittoresque au bord de l'Ill, son aspect extérieur de guingois, ainsi que son riche équipement intérieur, mêlant le gothique et le baroque.
La bonne acoustique de l'église lui permet depuis la fin du XIXe siècle de servir également de cadre à des représentations de musique classique et en particulier les passions de Johann Sebastian Bach.
Le chevalier Henri de Müllenheim, revenant indemne de la croisade, entreprend d'édifier vers 1298 un couvent de moines mendiants, des Guillemites, dans ce quartier marécageux alors situé extra muros. L'édifice allongé, consacré en 1301 et achevé en 1307, est le seul vestige de cet ensemble. Toute en brique et non voûtée, l'église correspond bien à l'idéal de cet ordre, notamment par la construction de la nef unique, ainsi que par la simplicité de la forme extérieure. Couverte d'un toit à versants, elle possède une nef plafonnée et prolongée par un chœur polygonal profond, éclairé de hautes fenêtres, qui trahit sa fonction originelle de salle de réunion pour les frères. L'église, de par sa proximité avec le port et les quais, est choisie en 1331 comme paroisse par la corporation des Bateliers, venant de s'établir.
Le couvent tombe cependant dans une période moins faste au XVe siècle, avant de connaître le mouvement réformateur gagnant Strasbourg à la fin de ce siècle. Ainsi, un prédicateur réformé est réclamé dès 1524 par les bateliers. Malgré tout, l'opposition des moines demeure très forte et le premier culte protestant n'est célébré que dix années plus tard, en 1534. Le couvent ferme ses portes en 1553, avant d'être aménagé en internat pour le prestigieux gymnase, ancêtre de l'actuelle université, où ont enseigné Martin Bucer et Jean Calvin. Saint-Guillaume devient alors une des sept paroisses luthériennes de la ville. Devenue église paroissiale, clocher est construit en 1667. Réunissant les trois pignons de la façade principale, dont les fenêtres triangulaires marquent les pointes, l'architecte entreprend la construction d'une flèche. Cependant, l'ancien porche, puisqu'épousant le tracé de la rue, présente un plan trapézoïdal : la tour n'étant que son prolongement, le clocher sera asymétrique.
L'installation de guingois que présente le bâtiment est due à l'instabilité du sol sur lequel il a été construit. Le vestibule possède un portail gothique et les fragments d'un jubé, datant de 1485, sont visibles. L'église, y compris le jubé et les vitraux figurés de la tribune, de la nef et du chœur, sont inscrits aux monuments historiques par arrêté du 30 décembre 1985.
L'église Saint-Guillaume présente sur son clocher, qui semble décentré selon l'angle de vue, un coq, ainsi qu'une ancre en forme de croix, qui rappèle son ancienne affectation de paroisse de la confrérie des bateliers au XIVe siècle. Une cloche en bronze, fondue en 1755 par Ernest Frédéric Puffendorff, est classée monument historique depuis le 20 novembre 1987, à titre d'objet.