Tous les falconidés sont inscrits soit sur l'annexe I, soit sur l'annexe II de la CITES. Deux espèces ont disparu dans les temps historiques, le caracara de Guadalupe au début du XXe siècle, et le Faucon de la Réunion, Falco buboisi, disparu au XVIIe siècle. En 2008, l'UICN considère le Faucon sacré comme en danger, quatre espèces comme vulnérables et six espèces quasi-menacées. Toutes les espèces sont cependant fragilisées ; les causes principales sont d'une part la destruction de leur habitat, causée par la modification des paysages agricoles et la déforestation, et d'autre part l'utilisation de produits phytosanitaires, fait lié à l'intensification de l'utilisation des terres par l'homme.
Les autres menaces sont l'introduction de nouveaux prédateurs, les collisions avec les véhicules (notamment aériens) et les fenêtres, les collecteurs d'œuf de collection, et les électrocutions sur les lignes à haute tension. Les espèces vivant en plaine (en théorie plus favorisées que les espèces vivant en forêt, qui elles sont franchement défavorisées par la présence de l'homme), ne sont donc pour ces raisons pas beaucoup avantagées. Par exemple, l'accumulation des produits toxiques dans leur organisme a une incidence négative sur leur taux de reproduction : ceci est observable avec l'accumulation de DDT, qui rend les coquilles des œufs trop fragiles pour que les poussins éclosent. En effet depuis que les organochlorés comme le DDT ne sont plus utilisés dans les pays développés, les populations de falconidés augmentent légèrement. Depuis la suppression du DDT, les populations de faucon pèlerin adaptées à la vie urbaine gardent quand même un plus grand taux de survie que les spécimens ruraux.
La relation des hommes avec les falconidés est ambivalente, jugés comme nuisibles à certains moments et utiles à d'autres. C'est le cas du pèlerin, honoré par la fauconnerie, et volontiers chassés comme peste, pour être concurrent de chasse et prédateur des volailles. Dans l'Égypte antique, plusieurs espèces du genre Falco ont été déifiées sous la forme d'Horus, le dieu du ciel et du Soleil, ancêtre même des pharaons. Les caracaras sont aujourd'hui emblème national du Mexique, ils sont très présents dans les légendes sud-amérindiennes, notamment chez les Aztèques. En revanche, le caracara de Guadalupe a été exterminé à cause de ses prédations sur les chevreaux domestiques. Plusieurs espèces insulaires ont vu leur population diminuée de façon spectaculaire, aucune plus que la Crécerelle de Maurice, dont le nombre semble avoir chuter jusqu'à quatre spécimens avant de recroître. Près de quatre espèces de faucon sont considérées menacées, de vulnérables à proche de l'extinction, par l'UICN.