D'une part le biome de cette région est basé sur des forêts denses, froides et humides composées de conifères et de nothofagacées, et d'autre part la région est complètement montagneuse avec de hauts sommets parfois volcaniques, des glaciers, d'énormes lacs, puissamment alimentés par des précipitations souvent surabondantes. Cela détermine le décor dans lequel une faune intéressante s'est développée. Comme mammifères prédateur, le puma est ici très commun. Il y a peu, le jaguar atteignait ces régions. Les condors des Andes, les aigles et les perroquets sont fréquents dans ces contrées, ainsi que le cauquén ou ouette des Andes, présent dans les régions lacustres.
Le colo colo (félin oncifelis colocolo) et le colocolo (marsupial dromiciops), le kodkod (ou gato güiña) sont endémiques. Le tucotuco (ou ctenomys) et les cerfs autochtones comme le huemul et le poudou (le poudou est un des cerfs les plus petits du monde) sont les ruminants principaux.
Dans les eaux, les salmonidés et les "truites" abondent. Beaucoup d'espèces de poissons de rivières ont été introduites, mais parmi les autochtones on doit souligner la perche et le cullen.
Dans les lacs et les rivières on trouve des pseudo-loutres qui ne sont pas des mustélidés mais des rongeurs comme le myocastor coypus ou ragondin, des loutres authentiques appelées huillín (lontra provocax ou loutres de Patagonie).
La région de Cuyo autour de Mendoza est une région intermédiaire entre celle de la la Puna ou nord-ouest andin, la région pampéenne et celle de Patagonie, en ce sens qu'on y trouve des espèces de ces trois régions, mais en moindre quantité ou fréquence.
Le condor des Andes et le puma ainsi que la vigogne prédominent dans les régions désertiques des hautes Andes. Le renard gris et le guanaco sont nombreux dans les vallées et défilés, là où rodent également des jaguars et où les cerfs des pampas abondent. C'est aussi la limite nord de l'extension des maras, la limite occidentale des viscaches et celle, méridionale, des chinchillas.
C'est l'ensemble des zones côtières de l'archipel de la Terre de Feu, des Malouines et des îles sub-antarctiques, ainsi que la faune spécifique de la mer Argentino (zone argentine des 200 milles marins). C'est une zone écotonique entre la région de Patagonie extra-andine et la région antarctique, c’est-à-dire qu'on observe plus ou moins les mêmes espèces que dans les deux régions pré-citées, mais en moindre quantité.
La faune de mammifères quadrupèdes est quasi inexistante. Il y avait bien le loup des malouines dans les îles Malouines, mais il est éteint depuis le XIXe siècle. Par contre il y a abondance de la faune littorale de lions marins, d'éléphants de mer, ainsi que de diverses espèces de manchots comme le manchot de Magellan, le manchot papou, le manchot à jugulaire et le manchot royal ainsi que les gorfous sauteurs et dorés).
Dans les eaux, les cétacés abondent littéralement, comme la baleine franche australe, la gigantesque baleine bleue (le plus grand des animaux connus sur Terre), l'orque et la fausse orque ou pseudorca et divers delphinidés, parmi lesquels se trouvent le dauphin du Chili ou tonina, le lissodelphis austral, le dauphin de Commerson (appelé localement Tonina overa), les lagenorhynchus - lagénorhynque obscur, lagénorhynque de Peale et lagénorhynque sablier -, le globicéphale noir (globicephala melas edwardi).
Parmi les phoques, le carnassier léopard de mer est bien présent, ainsi que le phoque crabier et bien sûr l'énorme éléphant de mer du sud.
Il faut mentionner, formant la base de la pyramide trophique, et faisant partie du zooplancton, d'immenses bancs d'un microscopique crustacé appelé krill.
Sur les côtes de la Terre de Feu et à proximité du canal Beagle on peut rencontrer des loutres marines ou huillin.