Le désert de la Puna est caractérisé par d'extrêmes variations thermiques entre le jour et la nuit et entre l'été et l'hiver, avec des chaleurs torrides et d'autres glaciales selon la période. On y rencontre le chinchilla, la vigogne, le chat des Andes, le condor des Andes. Dans les lacs et lagunes salées et très alcalines, on peut voir d'énormes groupes de flamants. Ici le superprédateur absolu et exclusif est le puma.
Cependant à l'est de la zone "punienne", les terres deviennent doucement plus basses, plus humides et plus fertiles et la faune rencontrée augmente en diversité. Le puma se maintient mais doit céder son rôle de superprédateur au jaguar.
L' ours à lunettes ou ucumari a été celui qui a le plus diminué du fait de l'action des hommes sur le milieu. On n'en rencontre plus aujourd'hui que quelques exemplaires dans les yungas (forêts humides des versants orientaux des Andes) des provinces de Salta et de Jujuy. Il y a cinq siècles son aire de diffusion allait bien plus au sud, jusqu'à la sierra d'Ancasti dans la province de Catamarca.
Dans les zones de vallées et de ravins secs (quebradas), on trouve des auquénidés comme le lama et l' alpaca. C'est aussi le domaine de la buse tricolore ou aguilucho, et de bien d'autres rapaces.
Parmi les oiseaux c'est le nandou ou surí qui se signale surtout. Dans les forêts touffues de la yunga on trouve des écureuils roux (sciurus ignitus ou nueceros), des singes capucins ou caís (ou tití), des cracidés "pavas" (dinde en espagnol, appellation erronée due à leur ressemblance extérieure) comme les yacús, des charatas (ou ortalis canicollis), et de plus les plus grands aigles de la planète : les majestueux aigles harpies (ou aigles féroces - Harpia harpyja).
Dans la région du nord-ouest jouxtant celle du Chaco on peut rencontrer le cerf appelé taruca (ou hippocamelus antisensis). Comme dans toute l'Argentine continentale, les renards sont ici bien fréquents ainsi que divers types de tatous, spécialement le quirquincho.
C'est la région de toute l'Amérique du Sud qui a le plus souffert des modifications apportées par l'homme et la civilisation dite moderne. De ce fait, il reste peu de choses de la faune et de la flore autochtone originelle.
Jusqu'à la fin du XIXe siècle les troupeaux de cerfs des pampas et de guanacos abondaient, ainsi que les tatous (armadillos) étaient très fréquents : chaetophractus villosus ou peludo, dasypus septemcinctus ou mulita, tatou, tolypeutes matacus ou quirquincho, les nandous abondaient, les renards (spécialement le culpeo et le renard gris d'Argentine), les chats des pampas , le puma, les viscaches, les mouffettes et les belettes. Les jaguars étaient fréquents. De plus dans la région pampéenne se trouvaient les limites méridionales du carpincho ou capybara, du cerf des marais, du pécari et du loup à crinière ou aguará guazú.
Parmi les chéloniens on doit mentionner la tortue d'Argentine ou Geochelone chilensis ou tortue terrestre commune qui en Argentine est fréquemment une mascotte domestique. Parmi les amphibiens diverses espèces de crapauds et de grenouilles abondent et parmi eux le batracien appelé ceratophrys ornata ou escuerzo est des plus typiques.
En ce qui concerne les poissons, le plus remarquable est l'odontesthes bonariensis ou pejerrey flecha de plata (pejerrey flèche d'argent).
Parmi les reptiles, il faut signaler les serpents. L' anaconda curiyú ou jaune se distingue particulièrement. Mais il y a aussi trois espèces de redoutables bothrops : la yarará grande, la yarará chica et la yarará ñata, serpents crotalinés ou vipères à fosses que l'on trouve dans les régions périphériques sud et ouest, moins humanisées, des pampas. Quant au caïman noir ou caiman yacaré, il est présent jusqu'au sud de la pampa, aux limites de la Patagonie.
Parmi les rongeurs citons le cuis ou cavia aperea pamparum ou aperea.
L'avifaune de cette région est très variée, comme partout en Argentine. Il faut mentionner le furnarius ou hornero (qui est devenu grâce à son curieux nid un des animaux emblématiques de l'Argentine), les "perdrix" - en réalité des oiseaux coureurs très semblables aux perdrix, également du groupe des tinamidae, par exemple les tinamous -, les hérons, les poules d'eau (Gallinula chloropus galeata) , les polyborus plancus (ou caracaras ou caranchos), les milvago chimangos (ou chimangos tout court), les perroquets barranqueros (ou cyanoliseus patagonus), les venteveos (ou pitangus sulphuratus), les canards créoles, les vanneaux teros, les chauna torquata ou chajás, les chouettes, les zorzals, les cardinaux, les Carduelis magellanica ou chardonnerets de Magellan, les tordos (ou molothrus bonariensis), les chardonnerets élégants, les picumnes ou oiseaux charpentiers, les phalacrocorax brasilianus ou viguás (une espèce de cormoran), les cotorras (ou myiopsitta monachus).
Enfin il faut mentionner les catitas (ou enicognathus ferrugineus), les hirondelles (Tachycineta thalassina), et le faucon pèlerin parmi une multitude d'autres espèces.