Au Quaternaire, l'archipel a subi, comme tous les volcans émergés de ces latitudes, une (ou plusieurs) glaciation(s) avec des précipitations importantes qui ont conduit à l'accumulation d'une épaisse calotte glaciaire (inlandsis ou icefield). A cette époque, l'archipel des Kerguelen devait être plus étendu à l'Ouest et au Sud, ainsi qu'en attestent les hautes falaises et le pendange des coulées. Cette surcharge glaciaire a participé à l'enfoncement et à l'ennoyage au centre-Nord (baie des Baleiniers) et à l'Est (golfe du Morbihan). L'érosion glaciaire a abondamment profité des réseaux de fracturation qui morcellent les mesas, souvent sans rejet visible autrement que sur photographie aérienne. Il s'agit du réseau orthogonal NW-SE et NE-SW, ainsi que du réseau ayant pour épicentre le cratère du Ross et dont les effets se remarquent sur un rayon de 40 km.
C'est probablement à cette période -difficile à évaluer-, qu'eurent lieu les grandes failles N-S et E-W responsables des effondrements des côtes des péninsules Loranchet et Jeanne-d'Arc, ainsi que la Passe Royale. La morphologie en dents de scie des falaises Ouest de Loranchet est caractéristique.
Dès lors, la glaciation d'inlandsis qui a entièrement recouvert l'archipel, se retire progressivement en abandonnant d'importants dépôts morainiques (plaines basse de l'Est de Courbet) tandis qu'un volume important se retrouve en mer. La morpho-tectonique glaciaire se précise tandis que l'inlandsis fond progressivement pour constituer 5 ou 6 môles englacés dont le glacier Cook est l'icefield résiduel le plus important. Les observations faites depuis près de 80 ans montrent que celui-ci se rétracte rapidement par ses glaciers qui abandonnent leurs moraines dans des vallées de plus en plus libérées.