Les trois grandes racines invoquées par les peuples qui suivent les traditions de mutilations génitales féminines sont d'ordres coutumiers, religieux et sociologiques.
Dans les sociétés rurales à faible niveau d'instruction scolaire (et chez les migrants issus de ces populations), la coutume est le plus couramment invoquée : « Cela s'est toujours fait, ma mère, ma grand-mère l'ont fait, donc mes enfants seront excisées ».
L'excision et l'infibulation sont pratiquées par des chrétiens, des juifs, des musulmans, dans les pays concernés.
Nombreux sont ceux qui mettent en avant une prescription religieuse de ces pratiques. Il n'en existe toutefois aucune dans la réalité des choses, et les pratiques mutilatoires ont précédé l’apparition des religions du Livre. Chez les musulmans notamment, l'excision est souvent pratiquée dans la croyance sincère, mais erronée, qu'elle était réclamée par le culte islamique. Cependant, le Coran ne mentionne absolument pas l'excision.
Même quand ils savent que l'excision n’est pas recommandée par le Coran, il est fréquent que les africains musulmans pratiquant ces traditions invoquent les « valeurs coraniques », tel la virginité des jeunes filles et la chasteté des épouses, au nom de l'honneur de la famille et de l'honneur du mari, les mutilations génitales faisant office de barrières au désir sexuel des femmes, et donc à toute tentation d'expériences sexuelles prénuptiales ou de relations adultérines.
Selon l'Organisation mondiale de la santé (OMS), la mutilation génitale féminine la plus fréquente est l'excision du clitoris et des petites lèvres, qui représente à elle seule près de 80 % des cas. La forme la plus extrême en est l'infibulation : environ 15 % des cas. L'OMS estime, à l'échelle mondiale, à 100 à 132 millions le nombre constant de filles et de femmes ayant subi des mutilations sexuelles, dont environ 120 millions pour le seul continent africain (soit un tiers de la population féminine de l’Afrique). Chaque année, 2 millions de filles supplémentaires sont susceptibles de connaître le même sort. La plupart d'entre elles vivent dans 28 pays africains, un plus petit nombre au Moyen-Orient, dans des pays d'Asie, chez certains Aborigènes d'Australie et en Amérique latine. Les chiffres globaux et par type de mutilation sont probablement sous estimés, d'une part en raison d'une très probable non-déclaration d'un certain nombre de cas, mais aussi d'un témoignage imprécis des victimes, tendant à sous-estimer l'importance de la mutilation.
Les pays occidentaux connaissent de plus en plus de mutilations génitales féminines, chez les femmes et fillettes immigrées des sociétés concernées : en Europe, notamment en Allemagne, en Belgique, en France, en Grande-Bretagne, en Suède, en Suisse, et aussi au Canada, aux États-Unis d'Amérique, en Australie, en Nouvelle-Zélande, etc.
Il est important de préciser que, dans les pays africains notamment, les mutilations génitales féminines ne sont pas pratiquées par toutes les ethnies et, dans une ethnie donnée, il existe aussi des variations en termes de coutumes. Le pourcentage des femmes et des fillettes mutilées est très variable d'un pays à l'autre et d'une ethnie à l'autre.
Les mutilations génitales féminines relèvent essentiellement d’une pratique d’ordre social, et non religieux. De nos jours, elles subsistent principalement en tant que pratiques culturelles sur le continent africain, et on les trouve chez les croyants de confessions musulmane, chrétienne, et animiste.
Les raisons mises en avant pour soutenir les mutilations génitales féminines sont diverses. Elles découlent souvent de la croyance selon laquelle elles vont annihiler ou modérer les pulsions sexuelles des femmes, mais pas seulement. La certitude erronée selon laquelle ces pratiques relèvent d’une nécessité hygiénique, est également répandue. Les MGF sont en outre fréquemment associées à des rites d’initiation traditionnels. La religion constitue toutefois aussi une raison dans certaines communautés.
Dans certaines cultures, il existe une croyance selon laquelle les enfants naissent munis d’éléments des deux sexes : le prépuce de l’homme est considéré comme un élément féminin, tandis que le clitoris de la femme est perçu comme un élément masculin. Ainsi, ces éléments sont ôtés au moment de la puberté, de telle sorte que l’identité sexuelle de l’individu soit exempte de toute ambiguïté.
Dans la mesure où l’opération est, le plus souvent, mise en œuvre par des femmes, certains auteurs ont émis l’hypothèse d’une crainte ancestrale de la part des femmes plus âgées envers les femmes jeunes, s’articulant autour du fait que ces dernières, plus séduisantes, pourraient séduire leurs époux, qui risqueraient alors de les abandonner. Il se peut aussi qu'elles reproduisent ce qu'elles ont elles-mêmes subi.
Bon nombre de musulmans africains pensent que la circoncision féminine est requise par l’islam. En réalité, le Coran ne mentionne aucune forme de mutilation ou modification génitale, hormis dans un hadith dont l’interprétation prête à controverse.Quoi qu’il en soit, même si ce hadith autorise la pratique, il ne l’érige pas en obligation. Seule l’une des quatre écoles de jurisprudence islamique, l’école chaféiste, a autorisé par le passé une « légère incision » du gland du clitoris, sans doute dans le but d’augmenter le plaisir sexuel de la femme. Il convient de noter que l’immense majorité des interprètes contemporains de la loi islamique rejettent totalement toutes pratiques de mutilations génitales féminines.
En Arabie saoudite, dans la région du Hedjaz, berceau de l’islam, les MGF étaient pratiquées du temps de Mahomet. Chez les Arabes païens de l’époque, l’expression « circonciseur de femme » constituait une insulte à l’égard des hommes. Il n’existe aucune preuve de l’éventuelle circoncision des filles de Mahomet mais, selon son épouse Aisha, Mahomet définissait la légitimité des rapports sexuels comme ce qui se produit lorsque les parties circoncises de l’homme et de la femme entrent en contact. Dans un hadith, Mahomet recommande en outre que la circoncision des femmes ne soit pas trop sévère.
La plupart des érudits musulmans contemporains pensent que les pratiques de mutilations génitales féminines résultent de l’ignorance et d’une idée fausse de la ferveur religieuse, plutôt que de raisons réellement ancrées dans la doctrine de l’islam, et leur nient donc toute base religieuse. Bon nombre de musulmans arabes voient même dans divers passages du Coran une opposition aux MGF, et considèrent donc ces pratiques comme contraires à la doctrine de l’islam.
Sheikh Faraz Rabbani, de SunniPath, déclare : « Concernant les pratiques d’excision, de mutilations génitales féminines et toutes les autres pratiques néfastes [notamment celles qui visent à ôter tout plaisir sexuel aux femmes], qui ont pris une grande ampleur culturelle, aucune n’est en aucun cas autorisée ». Selon Amnesty International, « les MGF précèdent l’islam dans l’histoire et ne sont pas pratiquées par la majorité des musulmans ; elles ont toutefois acquis une dimension religieuse au fil du temps.»
D’autres, tel le mufti égyptien Sheikh Jad Al-Hâqq, ont émis, en 1994, une fatwa qui stipule : « La circoncision est obligatoire pour les hommes comme pour les femmes. Si les gens d’un village décident d’abandonner cette pratique, l’imam du village doit les combattre comme s’ils avaient abandonné l’appel à la prière ». En revanche, en mars 2005, le Docteur Ahmend Talib, doyen de la Faculté de Charia de l’Université Al Azhar du Caire, a déclaré : « Toutes les pratiques de circoncision et de mutilations féminines constituent des crimes, et n’ont aucun rapport avec l’islam. L’islam ne fait une obligation ni de l’incision de la peau, ni de la mutilation de la chair des organes génitaux féminins.»
Les pratiques de mutilations génitales féminines sont également répandues chez les chrétiens d’Afrique et chez les juifs d’Éthiopie et des régions environnantes, sur la base de justifications religieuses. Ainsi, en Éthiopie, certains « prêtres coptes refusent de baptiser les filles qui n’ont pas été soumises à une procédure de MGF ». En septembre 1998, toutefois, des leaders chrétiens et musulmans se sont alliés pour dénoncer ces pratiques.