La National Geographic Society débute comme un club d’académiciens et de riches entrepreneurs intéressés par les voyages. Le 13 janvier 1888, trente-trois explorateurs et scientifiques se retrouvent au Cosmos Club (un club privé situé à l’époque à Lafayette Square, à Washington) pour créer "une société pour accroître et diffuser les connaissances géographiques". Après la préparation d’une charte, la National Geographic Society est créée officiellement le 27 janvier. Gardiner Greene Hubbard en devient le premier président. Son beau-fils, Alexandre Graham Bell, lui succède après sa mort en 1897. En 1899, le beau-fils d’Alexandre Graham Bell, Gilbert Hovey Grosvenor, est nommé premier rédacteur en chef à temps plein du magazine National Geographic et le reste jusqu’en 1954. Les membres de la famille Grosvenor ont depuis une place importante dans la Society.
Alexandre Graham Bell et Gilbert Hovey Grosvenor ont mis au point, avec succès, la notion d’adhésion à la Society. Ils sont également parmi les premiers à utiliser la photographie dans un magazine. L’actuel président du conseil d’administration de la National Geographic Society est Gilbert Melville Grosvenor.
La National Geographic Society a sponsorisé de nombreuses expéditions et projets de recherches depuis sa création, parmi lesquels :
La NGS finance aussi le National Geographic Bee, un concours annuel de géographie pour les écoliers américains. Plus de quatre millions d’élèves participent chaque année à la compétition, dans leur ville, jusqu’à la finale, qui réunit à Washington les gagnants de chaque Etat américain. Une compétition internationale par équipe est organisée tous les deux ans. En 2009, elle s’est tenue à Mexico et a réunit quinze équipes nationales. Le Canada a remporté le concours, suivi par les États-Unis et par la Pologne.
La médaille Hubbard est la plus haute distinction décernée par la National Geographic Society pour une exploration, une découverte ou une recherche. La médaille porte le nom de Gardiner Green Hubbard, le premier président de la National Geographic Society. La médaille Hubbard a été décernée trente-quatre fois, dont la dernière à titre posthume à Matthew Henson, qui a accompagné Robert Peary dans son exploration de l’Arctique.