Contrairement à une idée répandue, l'huile de colza (riche en oméga-3) peut être utilisée pour la cuisson. Elle a la même fragilité que l'huile de tournesol (riche en oméga-6 et couramment utilisée en cuisson) car ce sont deux huiles végétales poly-insaturées. Il est nécessaire de ne pas faire fumer ces huiles lors d'un chauffage intense. En effet, la fumée est un signe indiquant l'apparition de produits toxiques lors d'une cuisson trop forte.
Cependant, au niveau de l'odeur, l'huile de colza qui chauffe dégage une odeur de poisson ce qui peut ne pas être très agréable suivant le plat cuisiné. Un bon compromis pour avoir une huile qui soit aussi bonne chaude que froide (et avec des bonnes propriétés nutritives) est de réaliser un mélange d'huile de colza à 60 % et d'huile d'olive à 40 %. L'huile d'olive étant relativement neutre en termes d'oméga-3 et 6 et apportant, en plus, de l'acide oléique bénéfique pour la santé. Attention toutefois à choisir une huile de colza "première pression à froid" et non raffinée. Pour l'huile d'olive ces critères sont systématiques. Le mélange sera de préférence conservé au réfrigérateur afin de retarder l'oxydation des acides gras.
Bien que l'apport en oméga-3 soit nettement insuffisant dans les sociétés industrialisées, il a été prouvé que l'excès d'oméga-3 peut provoquer :
Pour éviter les taux élevés de cholestérol, il doit être associé avec de l'oméga-6, qui lui permet d'assimiler les protéines contenues dans les graisses. (Voir l'article oméga-6). L'apport en oméga-6 est largement excèdentaire à celui en oméga-3.
Pour ces raisons, la FDA (Food and Drug Administration) des États-Unis d'Amérique recommande une consommation maximum d'oméga-3 EPA et DHA de 3 g par jour, dont maximum 2 g par jour depuis des suppléments. Cette recommandation est aussi établie dans l'Union européenne par l’EFSA, et en France par l’AFSSA, mais non pas en tant que complément alimentaire mais comme substitut dans le cadre d’une alimentation normale équilibrée.
La consommation actuelle dans les pays développés est loin en-dessous du minimum. L’agence française recommande un rapport oméga-6/oméga-3 proche de 5 (aujourd'hui en France, les apports alimentaires en oméga-3 sont très insuffisants, avec un rapport moyen souvent au delà de 10-12, et parfois 80 dans les régimes alimentaires très déséquilibrés en Amérique du Nord, au Royaume-Uni ou au Danemark) ; cependant elle recommande de ne pas en faire une publicité permettant de faire croire qu'une complémentation de l'alimentation aurait un bénéfice pour la santé, car cela conduirait à augmenter la consommation totale d'acides gras (qui est déjà trop élevée).
De plus les taux à recommander sont à rapprocher de la composition des régimes alimentaires, des modes de préparation, et de nombreuses inconnues subsistent encore sur la persistance des propriétés bénéfiques des oméga-3 dans les huiles alimentaires, et sur leur dégradation possible en composés volatiles toxiques avec des méthodes de fabrication ou de préparation inadaptées, qui peuvent en plus empêcher leur assimilation.
Les huiles riches en oméga-3 ne sont donc pas destinées à la friture, mais plutôt à l'assaisonnement ou à une cuisson légère. L'amélioration du rapport oméga-6/oméga-3 ne doit pas se faire en réduisant l’apport en oméga-6 pour les remplacer par des acides gras saturés ou acides gras insaturés trans, comme ont tenté de le faire certains industriels. Des normes sont en cours d’élaboration par les autorités sanitaires françaises et européennes qui ont été saisies par les organisations de consommateurs pour statuer sur leur éventuel niveau de toxicité ou leur réelles vertus, pour tenter de définir des seuils raisonnables de consommation journalière et mettre en place une information vérifiable à destination des consommateurs, et enfin pour certifier les méthodes de mesure de taux qui sont encore beaucoup trop variables d’un laboratoire à un autre (ce qui peut être utilisé abusivement par certains industriels de l’agro-alimentaire).
Les margarines riches en oméga-3 ne sont pas destinées à la cuisson, surtout si elles sont allégées et contiennent donc de l'eau.