Les différents animaux se distribuent selon l'altitude et la végétation, celle-ci représentant la base de l'alimentation de toute pyramide des espèces.
Certaines espèces composant la faune de la province sont très recherchées par les braconniers qui déciment les populations et transforment des espèces jadis florissantes en espèces menacées d'extinction. Un des animaux les plus menacés de la provincia de San Juan est la vigogne traquée pour la valeur de sa laine. Sont également en danger l'iguane, le condor des Andes et le renard gris d'Argentine, ainsi que les tortues terrestres. C'est la raison pour laquelle les autorités ont décidé de protéger la vigogne en créant le parc national San Guillermo, élargi bientôt par une vaste réserve de la biosphère sous les auspices de l'Unesco.
San Juan présente une faune composée d'une grande variété d'espèces andines, patagoniques et pampéennes. Les mammifères que l'on rencontre dans la province sont : le guanaco, la vigogne, le renard gris, le puma, le mara, la viscache, les opossums, le furet, le pécari, le ragondin, le grand chinchilla et le tatou. La truite, le pejerrey, les silures et les carpes, sont quelques-uns parmi les poissons les plus répandus peuplant les rivières.
Chinchilla à longue queue ou Chinchilla lanigera, une espèce en danger. |
Pécari à collier (Tayassu tajacu). |
La grande diversité de conditions naturelles observée dans la province entraîne une aussi grande diversité dans la faune aviaire. Dans la zone andine (par exemple dans parc national San Guillermo), on peut observer le nandou de la Darwin (pteroctemia tarapacensis) et le tinamou quioula (tinamotis penlandii), tous deux espèces en danger. On trouve également le flamant du Chili (Phoenicopterus chilensis), le caracara montagnard (phalcoboenus megalopterus), le condor des Andes (vultur gryphus), la foulque cornue (fulica cornuta), la maubèche des champs (bartramia longicauda), le puco-puco ou thinocore de d'Orbigny (thinocorus orbignyianus), la colombe aymara (metriopelia aymara), le colibri oreotrochilus leucopleurus (en:White-sided Hillstar). Notons aussi la présence de l'aigle solitaire couronné (harpyhaliaetus coronatus).
Dans les zones humides telles les Lagunes de Guanacache, on constate une belle diversité d'oiseaux aquatiques, représentants tant de la région du Chaco, dont les cigognes maguari ou tuyangos (ciconia maguari) et kamichis à collier (chauna torquata), que de la région pampéenne comme l'ibis à face nue (Phimosus infuscatus) et le flamant du Chili (phoenicopterus chilensis).
Cigogne maguari ou tuyango. |
En 2009, San Juan comptait 15 aires protégées qui ensemble occupent plus de 22% du total du territoire provincial. C'est la province du pays ayant la plus vaste surface protégée. Beaucoup parmi ces zones sont uniques sur le continent américain voire au monde pour leur valeur paléontologique ou biologique.