Son régime est franchement de type nival avec crues de printemps et d'été, c’est-à-dire de novembre à mars.
Son débit est assez prédictible en fin d'hiver si l'on connait l'épaisseur des couches de neige dans le bassin supérieur de la rivière. On peut ainsi dès septembre estimer avec une grande précision les débits mensuels de l'année suivante. C'est le cas pour la saison allant d'octobre 2005 à septembre 2006. Voici ce que cela donne :
Ainsi le volume total des eaux accumulées sur la période de 12 mois sera de 2 650 Hm3. (hectomètres cubes) ou 2,65 km3 (kilomètres cubes). Ce qui veut dire une moyenne annuelle de 84 m3/seconde.
Ces débits mensuels peuvent être très variables d'une année à l'autre, étant donnée la situation en zone aride de l'ensemble de la province donc du bassin. Ainsi durant les 12 mois précédents l'année examinée ci-dessus, les précipitations de neige avaient été faibles, ce qui a donné des débits mensuels faibles eux aussi. En moyenne les quantités d'eau collectées par le San Juan sont de l'ordre de 60 m3/seconde.
Le débit du Río San Juan a été observé pendant 32 ans (1961-1992) à La Puntilla, localité de la province de San Juan située peu après son confluent avec le Río Castaño Viejo.
À La Puntilla, le débit annuel moyen ou module observé sur cette période était de 56 m3/seconde pour un bassin versant de 25 000 km2.
La lame d'eau écoulée dans l'ensemble du bassin atteint ainsi le chiffre de 71 millimètres par an.
Débits moyens mensuels du Río San Juan (en m³/seconde) mesurés à la station hydrométrique de La Puntilla
Données calculées sur 32 ans