Le système éducatif japonais a été dénoncé pour ses dérives comme l'épuisement des étudiants japonais, aboutissant au pire des cas au hikikomori. Certains cas d'inceste mère-fils, provenant des kyoiku mama (mère éducatrices au foyer), ont été signalés, celles-ci visaient à décharger les garçons de leur pulsions sexuelles distrayant leur scolarité. Plusieurs feuilletons et un film ont même été réalisés sur la base de ces témoignages. Il a été relevé que les écoliers japonais apprennent moins à penser qu'à mémoriser, ce qui constituerait une explication de leur bon résultats en mathématiques. Il a été relevé que si le système éducatif japonais a su remplir sa tâche au cours du siècle précédent, permettant l'émergence d'une société industrielle dotée d'une force de travail technique conséquente, il ne serait pas des mieux préparés pour un ère de l'information où la créativité serait la composante principale recherchée, au détriment d'un modèle basé sur le concept de l'otarie savante.
Comme exprimé précédemment, le système japonais est plutôt élitiste. Il faut toujours tenter d'aller dans la meilleure école, pour avoir le maximum de chances d'entrer dans le meilleur collège, puis lycée, puis université et entrer dans la meilleure société. Cela a deux conséquences principales.
La première est la prolifération des cours du soir, qui ont la double fonction de tenter d'augmenter le niveau scolaire et de rassurer les parents sur le fait qu'ils font ce qu'il faut pour leurs enfants. Ces classes sont très répandues dans les grandes villes.
La seconde est d'ordre financière. Les parents doivent en effet choisir une école pour leurs enfants. Ils vont généralement viser deux ou trois écoles, une qu'ils souhaiteraient obtenir mais pour laquelle l'enfant n'est pas sûr d'obtenir le concours, une de niveau plus faible et finalement, optionnellement, une faible. Mais nombre d'écoles moyennes voyant tous leurs meilleurs éléments potentiels partir avant la rentrée car ayant réussi à intégrer une école plus prestigieuse ont adopté un principe simple : elles choisissent des dates de confirmation d'inscription situées avant la publication des résultats des écoles prestigieuses. Ainsi, les parents sont obligés d'inscrire leurs enfants dans cette école, même s'ils espèrent ne pas avoir à les y envoyer. Si l'enfant réussit à intégrer mieux, il pourra se désinscrire de cette école, mais tout ou partie des frais engagés (assez élevés) resteront acquis par cette école, qui bénéficie donc de moyens substantiels comparativement à ses effectifs. Cela représente un sacrifice financier important pour les familles qui, tous les trois, quatre ans, doivent donc payer deux années scolaires pour assurer le meilleur avenir possible à leur enfant.
Il a été relevé l'omniprésence donnée au sens de la hiérarchie. A partir du collège chacun étant défini comme senpai (aîné) ou kohai (cadet) qui doit respect et déférence à son ancien, tout comme le fait que l'étudiant japonais apprendrait moins à questionner le monde qui l'entoure qu'à obéir, même si un règlement parait stupide, et à se fondre dans une communauté plus large.