La taille des boîtiers suit principalement l'évolution des formats de cartes mères. La norme ATX asseyant définitivement l'arrivée des boîtiers tour. Dans un premier temps, le format Micro-ATX permettra de rogner un peu sur la hauteur de la tour. Le mini-ITX poussera cette idée bien plus loin en proposant des cartes mères de 17x17cm, permettant toute sorte de boîtiers, bien souvent faits par l'acheteur de la carte recyclant d'anciens magnétoscopes, consoles de jeux etc. Le DTX annoncé récemment par AMD tentera de concurrencer le mini-ITX.
Mais au-dela de la taille, on trouve de nombreuses améliorations pratiques surtout vers le haut de gamme. La conception modulaire principalement. Le boîtier est ainsi divisé en trois parties : le partie principale avec la carte mère (reposant en général sur une plaque amovible) et l'alimentation, la cage 3,5 pouces accueillant les disques durs et lecteurs zip/disquettes et la cage 5,25 pouces pour les lecteurs optiques. Les deux cages se retirant rapidement du boîtier afin de faciliter l'installation d'un nouveau composant. Dans le même ordre d'idée, on trouve aussi le répandu montage sans vis qui, à l'aide de rails et de divers systèmes astucieux permet d'épargner l'utilisation d'un tournevis.
Une autre optique, devenue très importante depuis sa généralisation au début des années 2000 : la ventilation et le silence. Ainsi les boîtiers ont vu se multiplier et s'agrandir les emplacements pour ventilateurs. Les premières tours n'ayant que le ventilateur de l'alimentation pour l'évacuation de l'air chaud, celui-ci devait tourner d'autant plus vite, produisant un bruit en conséquence. Des emplacements additionnels pour des ventilateurs de 80mm furent donc rapidement ajoutés puis des 92mm et enfin les 120mm, restant le standard actuel. Fait intéressant, bien qu'encore assez peu nombreux, de plus en plus de boîtiers récents présentent sur le flanc un très gros ventilateur de taille non standard (généralement autour de 250 mm). Toujours dans le domaine du refroidissement, de rares boîtiers furent également proposés avec un système de watercooling intégré. Encore plus extrême, quelques boîtiers, comme le célèbre Asetek Vapochill, furent même proposés avec un système complet à changement de phase, faisant d'eux de véritables réfrigérateurs.
Note : En 2005, le BTX d'Intel vint essayer d'améliorer la ventilation mais sa conception présentait plusieurs défauts importants et il ne fut jamais adopté. Il sera abandonné en 2007, l'architecture Prescott des P4E et Pentium D ayant été remplacée par le Conroe du Core 2 duo. Beaucoup moins enclin à chauffer, celui-ci ne nécessite plus de ventilation particulière.
Les fonctionnalités, elles, n'ont quasiment pas changées pour les tours. En revanche, sur les desktop destinés aux HTPC, les constructeurs rivalisent d'imagination pour tenter de se démarquer. Ainsi on peut y trouver parfois de petits écrans à cristaux liquides (à l'image de ceux sur les calculatrices) permettant de voir diverses informations comme l'occupation processeur, le nombre de mails reçus etc... Sur les boîtiers très haut de gamme comme le zalman HD160XT, on trouve même de véritables écrans LCD tactiles. Plus raisonnable, certains proposent des boutons de fonctions (généralement multimédia tel lecture, pause, volume, etc) sur leur façade comme on peut en voir sur les lecteurs divx ou DVD.