Fondée en 1831 comme université méthodiste pour hommes, Wesleyan University est devenue en 1872 l'une des premières universités à tenter d'instaurer un environnement mixte, une expérience connue sous le nom de « The Wesleyan Experiment » (l'expérience wesleyenne), qui a permis à un nombre restreint d'étudiantes de s'inscrire. De nombreux anciens élèves étudiants de Wesleyan étant persuadés que l’éducation mixte dévaluait la position de Wesleyan par rapport aux autres universités de rang comparable, celle-ci est redevenue de 1912 à 1970 une université réservée aux hommes. Lorsque Wesleyan a commencé à réadmettre des étudiantes en 1970, nombre de celles-ci avaient déjà trouvé leur place tout près de New London dans le Connecticut à l'université féminine de Connecticut College fondée en 1911 par des anciennes étudiantes de Wesleyan.
En 1937, Wesleyan University est devenue entièrement indépendante de l'Église méthodiste suite à l’affaiblissement des liens avec l'Église tout au long du début du XXe siècle.
Wesleyan University est le site de la première et de la plus active des compagnies de théâtre universitaires, dirigés par des étudiants, aux États-Unis. Cette compagnie, Second Stage, produit au moins un spectacle presque chaque week-end pendant l'année scolaire, soit dans le théâtre Patricelli '92 pleinement équipé, d'autres espaces sur le campus, tels que les résidences universitaires. L'ouverture du Center for the Arts en 1974 a rendu le théâtre Patricelli '92 a fourni au Département de Théâtre ce bâtiment à l'équipement dernier cri pour des productions dirigées par des étudiants. Second Stage fournit aux étudiants une expérience de valeur inestimable dans la direction de leur propre compagnie théâtrale de petite taille.
Wesleyan University délivre des B.As, des M.As et des Ph.D.s. Wesleyan University offre plus de 900 cours dans 39 départements et 44 domaines principaux d'étude. Aucune sous-spécialisation n'est offerte. Wesleyen soutient également activement les programmes interdisciplinaires. Il est, par exemple, possible d'y poursuivre une spécialisation sur mesure, appelée University Major (Spécialisation d'Université). Les doubles spécialisations sont également un choix populaire parmi les étudiants de Wesleyan. Presque toutes les classes de second et de troisième cycle à Wesleyan sont de petite taille, d'environ 19 étudiants.
Les programmes de troisième cycle à Wesleyan sont, pour la plupart, limités aux sciences et aux mathématiques, bien qu'elles offrent également des programmes de troisième cycle de qualité en sciences libérales, musique et ethnomusicologie, anthropologie et psychologie.
En 1953, Wesleyan University a ouvert la voie à l'étude des arts libéraux au niveau du troisième cycle, avec le Graduate Liberal Studies Program (Programme de Troisième Cycle d'Études Libérales). À présent, des milliers d'institutions universitaires ont suivi le mouvement avec des programmes similaires, y compris plusieurs des principales universités mondiales telles que Harvard, Oxford et Northwestern, entre autres. Le programme de Troisième Cycle d'Études Libérales de Wesleyan prépare au M.A. et au Certificate of Advanced Studies (certificat d'études avancées ou CAS).
Détail des départements et de programmes d'études supérieures. Chaque département offre, sauf mention contraire, un ou plusieurs programmes principaux d'étude.
Il existe à Wesleyan University des programmes de certificats « conçus pour produire une cohérence dans des programmes d'étude incluant des cours de nombre de départements et de programmes » :
Poursuivant une politique d'admission au mérite, Wesleyan University ne prend pas en compte les ressources financières dans sa décision d'accepter, de mettre en liste d'attente ou de refuser les candidats. En 1982, les administrateurs ont annoncé que, suite aux restrictions des aides étudiantes par le gouvernement fédéral, l'université commencerait à prendre en considération les circonstances financières dans l'admission des étudiants en liste d'attente. Les étudiants ont protesté contre cette décision et, bien que les administrateurs n'aient pas cédé, Wesleyan a réussi à collecter assez de fonds pour pouvoir éviter de mettre cette nouvelle politique d'aide financière en œuvre. En 1992, l'administration universitaire a à nouveau pensé mettre fin aux admissions indépendamment des ressources financières pour les étudiants sur la liste d'attente. Un groupe d'étudiants, Students for Financially Accessible Education (SFAE ou Étudiants pour l'Accessibilité Financière aux Études), a organisé une série d'actions, y compris des rassemblements, une manifestation silencieuse autour d'une réunion des administrateurs et un sit-in dans un bâtiment administratif suivi d'un bivouac sur sa pelouse. La politique d'admissions indépendante des ressources financières a été préservée et maintenue jusqu'à aujourd'hui. Le groupe SFAE a continué pendant plusieurs années à sensibiliser l'opinion publique sur la question l'accessibilité financière, à offrir des prêts sans intérêt aux étudiants avec des urgences financières et à obtenir des fonds pour l'aide financière avec des campagnes de conservation d'énergie. À l'heure actuelle, le SFAE paraît inactif.
L'année 2004 a vu une résurgence du militantisme à Wesleyan, après plusieurs années d'inactivité. En décembre 2004, plus de 250 étudiants ont occupé South College, le bâtiment où se trouve le bureau du président Douglas Bennett pour protester contre le manque de participation étudiante dans les prises de décision administrative. Le lendemain, cette occupation a été suivie d'un forum où le président Bennett a promis de répondre aux exigences estudiantines en janvier 2005.
Une autre polémique à la même époque concerne le statut de la station de radio du campus, WESU, la deuxième radio universitaire à avoir été fondée aux États-Unis en 1939. Depuis 1988, le format de WESU était entièrement libre, les animateurs ayant toute latitude en ce qui concernait la programmation lorsque l'université a annoncé son intention de rechercher une forme d'affiliation avec la radio publique nationale PBS et de changer radicalement le format de la station. En octobre 2005, un consensus a été atteint sur quelques aspects de l'avenir de la station, avec la nomination de Ben Michael comme directeur général de la station. Michael, un bénévole depuis 1998 largement perçu par les étudiants comme le candidat du personnel de la station pour ce poste.
Les questions concernant le sexe, la sexualité et le genre dominent sur le campus de Wesleyan. Une organisation estudiantine sur la sexualité définit largement la sexualité alternative avec l'acronyme LGBTTQQFAGIPBDSM pour décrire « les communautés incluant des identités sexuellement dissonantes incluant, entre autres, les lesbiennes, les gays, les bisexuels, les transgenres, les transsexuels, les queers, les flexuels, les asexuels, les genderqueers, les intersexes, les polyamoureux, les adeptes du BDSM (bondage, discipline, sado-masochisme) », avec des ellipses indiquant une suite indéfinie car la liste n'est pas complète.