L'université fait partie d'un pôle de recherche et d'enseignement supérieur (PRES) euro-méditerranéen et transfrontalier, qui regroupe les universités de Gênes, Turin, Sud Toulon-Var, Corse et Paris 6. Le PRES euro-méditerranéen doit permettre un rayonnement dans l'ensemble de l'eurorégion Alpes-Méditerranée, avec un impact sur l'ensemble des partenaires académiques et économiques associés.
L'eurorégion constitue un cadre de collaboration renforcé qui ouvre une dynamique nouvelle de coopération transfrontalière avec l'Italie, facilitant des avancées dans tous les domaines.
L'université de Nice est membre de la Coordination des universités de recherche intensive françaises (Curif).
L'université compte soixante et un laboratoires de recherche, dont quinze unités mixtes de recherche (UMR) et vingt-cinq équipes d'accueil (EA).
La Maison des sciences de l'homme de Nice regroupe les laboratoires travaillant en sciences humaines et sociales. Ses locaux sont installés sur le campus de Saint-Jean-d'Angély.
L'Observatoire de la Côte d'Azur est un établissement public, créé en 1988. Il accueille des chercheurs et des doctorants.
L'Observatoire océanologique de Villefranche-sur-Mer regroupe 150 personnes, chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants. Placé sous la tutelle directe du CNRS, il constitue une école interne de l’université Pierre-et-Marie-Curie.
L'Institut Robert Hooke de culture scientifique a été créé en 2004 au sein de l'université de Nice Sophia-Antipolis. Il vise à développer un enseignement « culturel » des sciences et à vulgariser la recherche faite en laboratoires. Il accueille des enseignants-chercheurs, des chercheurs et des enseignants du secondaire pour développer des produits éducatifs à contenu culturel.
Le laboratoire de zététique de l'université de Nice Sophia-Antipolis a été créé en 1998 par Henri Broch. Il se consacre à l'étude des phénomènes « paranormaux ».
Depuis 2006, elle figure dans le classement académique des universités mondiales établi par l'université Jiao-tong de Shanghai, dans la tranche 401-500. En 2008, selon ce même classement, elle est placée entre la 18e et la 23e place des établissements français d'enseignement supérieur, et la 169e - 210e place des universités européennes. Elle est classée 311e au « Ranking Web of World Universities » au niveau mondial (troisième place au niveau français) qui a classé 6 000 écoles et universités en fonction du volume et de la qualité de leurs publications électroniques.