Le zoo de La Flèche a été fondé en 1946 par Jacques Bouillault sous le nom de parc zoologique du Tertre-Rouge, à La Flèche. Il s'agit du premier zoo privé français d'après-guerre.
Jacques Bouillault est l'auteur-réalisateur, en 1960, du Musée de sciences naturelles où sont présentés dans des dioramas plus de 500 animaux naturalisés de la faune régionale.
Passionné par les rapaces, il construisit, en 1967, une vaste volière paysagère, entièrement dédiée à la présentation de la plus complète collection de rapaces en France, dans laquelle 23 espèces se côtoyaient.
Passionné par les reptiles, il inaugura, en 1971, un grand vivarium qui comptait parmi les plus modernes de France, tant par sa conception que par sa collection.
L'entreprise zoologique de Jacques Bouillault fit faillite en 1988, et le parc zoologique fut repris par Raymond Da Cunha, assureur à La Flèche. Le zoo de La Flèche participe à plus de 25 programmes européens d'elevage. (EEP) C'est aujourd'hui l'un des plus grands parcs zoologiques français, voire européens.
Le Zoo de Bordeaux-Pessac est une propriété du Zoo de La Flèche, et les deux parcs sont jumelés.