L'aéronautique navale mettant en œuvre des aéronefs, ses missions pourraient être confiées à l'armée de l'air. Un certain nombre d'arguments, principalement techniques, plaident pour un tel regroupement : l'unicité de direction technique, certaines économies d'échelles de gestion, de soutien et de formation.
La plupart des grands pays maintiennent, cependant, la composante aéronavale au sein de leur marine, dans sa totalité, ou pour le moins en partie, comme au Royaume-Uni et dans les pays de culture militaire britannique où seule l'aviation de patrouille maritime appartient à l'armée de l'air.
En effet, des facteurs d'ordre humain et opérationnel s'opposent à un tel regroupement.
- les techniques d'appontage (avions et hélicoptères) et de survol maritime par tous les temps exigent un entraînement des équipages, spécifique et exigeant ;
- la « fraternité d'arme » : les équipages des aéronefs ont la même culture que ceux des bâtiments de surface, embarqués, ils vivent ensemble, certains, notamment les officiers, ont reçu la même formation initiale. La compréhension et la confiance sont donc naturelles et a priori immédiates, qualités essentielles dans l'action et dans des opérations le plus souvent effectuées en commun : les opérations menées en mer sont spécifiques au soutien des forces navales et requièrent une communauté culturelle avec les marins des forces de surface, des sous-marins et des commandos-marine, voire avec les marins civils (pêcheurs et marchands).
Des synergies sont néanmoins recherchées par la mutualisation de certaines fonctions entre marines et armées de l'air, particulièrement en matière de formation (filières partagées ou communes) et de matériels (cas des programmes Rafale, F-18, Harrier et JSF / F-35, des nombreux armements et des soutiens techniques à terre.
Marine ou armée de l'air, l'aviation navale est quoi qu'il en soit spécifique : son positionnement n'est qu'affaire de préférence nationale. Les synergies sont propres à chaque solution et ne peuvent toutes être satisfaites par une seul des options.