De sa flotte de 1962, composée d'avions équipés de moteurs à pistons (Dragon DH89, Beechcraft, Broussard, DC3, DC4 et Piper), il n'en reste plus rien. En effet, après être également passé par les solides et infatigables Boeing 707 et 747, HS 748, et Twin Otter, place désormais aux appareils plus performants à turbopropulseurs et autres réacteurs tels que les ATR 42, les Boeing 737-300 (pour le réseau intérieur et régional) et surtout le Boeing 767 qui relie désormais (et depuis 1999) l'Europe en vol direct sans escale. Le service à bord des vols Air Madagascar correspond à la qualité exigée dans les compagnies aériennes internationales, non seulement en classe affaires, mais aussi en classe économique. Il faut tout mettre en œuvre, en effet, pour satisfaire et fidéliser une clientèle toujours plus nombreuse et plus exigeante. Air Madagascar dessert 27 destinations sur l'ensemble du territoire malgache. Et l'international est loin d'être en reste avec des destinations européennes (Paris, Marseille, Milan), africaines (Nairobi, Johannesbourg) ainsi que toutes celles de l'Océan Indien comme Saint-Denis et Saint-Pierre (Réunion), Moroni (Union des Comores), Mayotte ou Plaisance (Maurice). Dernièrement, l'Asie (Bangkok) est devenue une destination supplémentaire d'Air Madagascar qui a atteint en 2006 le cap des 600 000 passagers, transporté 7 000 tonnes de fret, et réalisé un chiffre d'affaires d'environ 400 milliards de MGF. Une telle performance n'est cependant pas le fruit du hasard. Car, "sur les pistes comme en dehors", la compagnie malgache a suivi le flux du progrès en investissant dans de nouvelles technologies informatiques lui permettant de servir au mieux sa clientèle ; Elle s'est effectivement dotée du système AMADEUS relatif à la réservation des passagers et qui a la particularité d'afficher en temps réel la dernière place disponible sur n'importe quel vol. AMADEUS a d'ailleurs le mérite d'être accessible à toutes les agences de voyage agréées, ce qui est un plus. Par ailleurs, Air Madagascar s'est également approprié le système GAETAN qui reste en connexion directe avec AMADEUS, assurant ainsi une coordination parfaite des opérations d'enregistrement, de chargement et d'embarquement. Enfin, le système PELICAN complète le tout à la vente et à la gestion du fret. Il permet le traitement rapide d'acceptation du fret comme le suivi permanent de son embarquement et de son transport.
Toutefois, tous ces efforts n'étaient pas forcément gagnés d'avance et les objectifs de performance d'Air Madagascar n'auraient pas été atteints sans la participation effective d'un personnel motivé et compétent, dont le professionnalisme et la rigueur sont maintenus grâce à une formation continue.