La distribution intérieure de la collégiale est des plus simples. Dépourvue de transept et de déambulatoire, elle affecte un plan basilical. La nef principale, de sept travées, accostée de deux collatéraux, débouche sur une abside pentagonale tandis qu'un chevet plat clôt les chapelles orientales des collatéraux. Deux rangées de chapelles bordent les dits collatéraux, nef latérale et chapelles méridionales présentant des dimensions moindres que leurs homologues septentrionales. L'élévation de l'édifice renforce l'unité et la lisibilité des volumes, la nef centrale présentant seule un étage de fenêtres hautes. De style gothique flamboyant, l'architecture de l'édifice joue la carte de la sobriété hormis les voûtes plus ouvragées qui présentent des liernes et des tiercerons. A l'exception du chœur et de la travée qui le précède, aucun chapiteau ne vient entraver l'élan vertical des piliers, arcades, doubleaux et croisées pénétrant dans les supports rythmant inexorablement les travées.
L'ornementation ordonne par ailleurs une perception cohérente et hiérarchisée de l'édifice, opposant très nettement espace paroissial et zone réservée à l'usage exclusif des clercs. Autant le chœur est élancé, aérien, déployant de grandes baies vitrées aux meneaux serrés, lesquelles occupent presque toutes les parois, une clef de voûtes pendante gigantesque agrémentant également la travée pentagonale de l'abside, autant la nef présente de petites fenêtres hautes ménageant, outre un éclairage diffus, un espace intermédiaire avec les arcades qui ne récuse pas une certaine muralité. Ainsi, ornementation et éclairage différenciés concourent-ils à définir des espaces sociaux et culturels privilégiés.
Des vitraux originels de la collégiale de Bourg subsiste uniquement celui des saints Crépin et Crépinien, patrons des tanneurs et cordonniers. Il date de 1526. Le reste de la vitrerie a été brisé au cours de la Révolution, les XIXe et XXe s'étant employés à remplacer ces œuvres qu'avaient sans doute réalisé les maîtres-verriers de Brou.
Outre ce premier vitrail renaissance qui conte autour d'une crucifixion les diverses étapes du martyre des frères cordonniers, il convient de remarquer :