Les constructions du XIXe siècle encadrent les anciens bâtiments. Dans le jardin du cloître sont groupés des fragments lapidaires romains et chrétiens retrouvés dans l'île. Le vieux cloître, dont les murs datent en partie du VIIe siècle, et les voûtes en berceau du Xe siècle, est un des plus anciens de ce genre en Occident. Sur la galerie est s'ouvre, par une porte basse en plein cintre, la salle capitulaire voûtée d'ogives et, adossée à la galerie sud, une autre salle de même style qui sert de réfectoire aux moines. La toile au fond de la pièce représente la Cène a été exécutée en 1900 par Pita.
Élevée en 1073 sur une pointe avancée de la côte sud par Adel'Dert, abbé de Lérins, pour protéger les moines des pirates sarrasins. Du XVe siècle jusqu'en 1788, sous le régime de la commende, les religieux y vécurent d'une façon permanente et y subirent de nombreuses attaques.
La porte est à 4 m au-dessus du sol. On y accédait par une échelle maintenant remplacée par un escalier de pierre. En face de l'entrée, un escalier mène au cellier voûté en berceau. Au 1er étage se trouve le « cloître du travail », aux arcades ogivales et aux voûtes des XIVe siècle et XVIIe siècle (l'une des colonnes est une borne milliaire romaine). Le « cloître de la prière » au deuxième étage, à colonnettes de marbre blanc (offertes par la ville de Gênes en demande de pardon pour l'attaque de la forteresse et la capture de moines), donne accès à la chapelle de la Sainte-Croix, haute salle voûtée d'ogives appelée encore «le Saint des Saints » en raison des nombreuses reliques qu'elle renfermait. La chapelle de la Sainte-Croix a la particularité d'avoir une porte d'entrée au linteau très bas, symbolisant l'attitude pénitente du moine arrivant à la prière, et une porte de sortie plus grande, symbolisant la rédemption et la grâce reçue pendant l'office par le moine, qui peut en ressortir debout.
De la plate-forme, garnie de créneaux et mâchicoulis du XVe siècle située au sommet du vieux donjon, rénovée au XIXe siècle par Viollet-le-Duc qui y rajouta notamment un clocheton, la vue s'étend sur les îles de Lérins et sur la côte, de l'Esterel jusqu'au cap d'Antibes et à l'arrière-plan, la chaîne alpine.
Deux fours à rougir les boulets, construits en 1794 sur l'ordre de Bonaparte, occupent les extrémités est et ouest de l'île. Deux fours similaires se trouvent aux extrémités de l'île Sainte-Marguerite. Ces fours chauffaient en dix minutes des boulets de canon à plus de 1000 degrés Celsius. Ainsi en cas d'impact sur un navire ils occasionnaient un incendie.
Située dans l'extrémité est de l'île, la chapelle de la Trinité est l'un des sept oratoires répartis dans l'île. Son nom, la « Trinité » est reflété par son architecture : elle possède une abside flanquée de deux absidioles, et sur sa façade occidentale (mur pignon) se trouvent deux croix composées de briques, une troisième croix ayant disparu durant une restauration. Cette chapelle est bâtie avec de nombreux blocs en grand appareil, d'origine antique. On remarque ces réemplois au niveau des chaînages d'angle, et à l'intérieur avec les 2 colonnes qui séparent les 2 travées. L'utilisation de blocs de grand appareil peut s'expliquer de deux manières :
La chapelle est voûtée en berceau dans sa nef, et au niveau du chœur avec une coupole. Cette coupole est une spécificité puisqu'elle est surement l'une des premières en occident médiéval à avoir été bâtie. À son sommet se trouve un puits de lumière, ou oculus. La couverture en tuiles à l'antiques (tegulae et imbrices) est une restauration des années 1930 qui reprend un ancien mode de couverture déjà utilisé sur ce site et dont des vestiges ont été retrouvés pendant les travaux. La datation de cet édifice est incertaine, on suppose qu'il est antérieur au XIIe siècle. Les bâtiments adjacents à la chapelle servaient probablement durant les rites funéraires. Il faut enfin noter que le bassin de type citerne (à l'extrémité sud-est) et la chapelle ont eu une fonction militaire durant l'occupation espagnole de l'ile, dans le courant du XVIIe siècle. La position stratégique de la chapelle a justifié son aménagement en bastion. L'un des témoins de ce rôle militaire réside dans la trace d'un impact de boulet de canon au niveau d'un linteau, dans la fenêtre de la première travée du côté nord.