La découverte de 2 milliards de barils (320 000 000 m3) d'hydrocarbures de haute qualité dans les champs de Cusiana et Cupiagua, à environ 200 km à l'est de Bogotá, a permis à la Colombie de devenir un pays exportateur de pétrole depuis 1986. Le pipeline transandin (en) transporte le pétrole depuis Orito dans le département de Putumayo jusqu'au port du Pacifique de Tumaco dans le département de Nariño.
La production totale d'hydrocarbures avoisine 620 000 barils/jour (99 000 m3/jour); environ 184 000 barils/jour (29 300 m3/d) sont exportés. Le gouvernement Pastrana a libéralisé la politique d'investissements pétroliers, ce qui a accru l'activité d'exploration. Les capacités de raffinage ne peuvent satisfaire la demande domestique, ainsi certains produits raffinés, en particulier l'essence, doivent être importés. Des projets de construction de nouvelles raffineries sont en développement.
Alors que Colombie possède un vaste potentiel hydroélectrique, un sécheresse prolongée en 1992 força à de sévères rationnement de l'électricité à travers le pays jusqu'au milieu de l'année 1993. Les conséquences de la sécheresse sur la capacité de production électrique poussa le gouvernement à commissionner la construction ou la mise à jour de 10 centrales thermoélectriques, la moitié fonctionnant au charbon, l'autre au gaz naturel. Le gouvernement a également commencé à lancer des appels d'offre pour la construction d'un système de gazoducs s'étendant des champs du pays aux centres de population principaux. Ce projet devait permettre à des millions de foyers colombiens d'accéder au gaz vers le milieu de la décennie suivante.
À partir de 2004, la Colombie est devenue un exportateur net d'énergie, exportant de l'électricité vers l'Équateur et développant des connections vers le Pérou, le Venezuela et le Panamá pour exporter également sur ces marchés. Le pipeline trans-caribéen (en) connectant l'ouest du Venezuela au Panamá via la Colombia a été inauguré en octobre 2007, grâce à la coopération entre les présidents Álvaro Uribe de Colombie, Martín Torrijos du Panama et Hugo Chávez du Venezuela.
En 1976 commença le développement de la mine de charbon de Cerrejón, dans la Péninsule de Guajira. C'est la plus importante opération minière de Colombie et parmi les plus grandes mines de charbon à ciel ouvert du monde. L'entité légale qui gère la mine est appelée Cerrejón Coal Company et est une coentreprise de trois entreprises internationales : BHP Billiton, Anglo American et Glencore, chacune possédant 33.3% des parts. En 2006, les parts de Glencore furent rachetées par Xstrata Plc. La production de charbon à Cerrejon en 2008 est évaluée à 31,2 millions de tonnes.
D'autres mines de charbon en Colombie sont situées à Sogamoso, Tunja, Paipa, Zipaquirá, Tabio, Neusa, Chinacota et Chitaga.
La mine de nickel de Cerromatoso, située à Montelíbano, dans le département de Córdoba au nord de la Colombie, combine un dépôt de minerai de nickel latéritique et un low cost ferronickel smelter ⇔ . Elle produit une moyenne de 52 000 tonnes de nickel par an, ce qui la place à la seconde place mondiale des producteurs de nickel. Cerromatoso est actuellement possédée par BHP Billiton. Des désaccords entre la direction et le syndicat des travailleurs, avec de fréquentes grèves, ont engendré de lourdes pertes en 2008.
La production d'or en 2008 a été évaluée à 15 482 kg, soit une augmentation de 34.2% par rapport à l'année précédente. En 2009, le projet de mine La Colosa (devant être exploitée par AngloGold Ashanti), près de Cajamarca dans le département de Tolima, est à l'étude, avec des réserves estimées à 12,9 millions de tonnes. Toutefois, il y a controverse à propos de possibles dégâts environnementaux. Dans l'économie colombienne, l'or est le métal plus important en termes de revenus à court terme.
La halite, un minerai dont on extrait le chlorure de sodium, était exploitée par les civilisations précolombiennes telles les Chibcha, et était un important produit commercial. Les premières extractions de halite sont datées autour du Ve siècle av. J.-C.. L'exploitation traditionnelle de la halite a été décrite par Alexander von Humboldt durant sa visite à Zipaquirá en 1801.
De nos jours, la halite de la mine de Zipaquirá contient la cathédrale de sel, entièrement creusée dans la halite, ce qui inclut les icônes, les ornements et autres détails architecturaux. Elle abrite également le Parc du sel et le musée national de minéralogie.
La Colombie a produit 2,7 millions de carats (540 kg) d'émeraudes en 2008. Les mines d'émeraudes sont localisés pour la plupart dans le département de Boyacá. Suivant les années, les émeraudes colombiennes constituent entre 50 et 95% de la production mondiale.