Depuis la rentrée 2004, le cursus s'effectue en cinq ans, et le diplôme de l'IEP est reconnu au grade de master. Les premiers diplômés en 5 ans sont sortis en 2009. Comme dans les autres instituts d'études politiques, l'enseignement est marqué par la pluridisciplinarité autour des quatre piliers que sont l'histoire, les sciences politiques (et sociales), l'économie et le droit.
Le premier cycle dure trois ans, les deux premières années étant très pluridisciplinaires. En deuxième année, les étudiants choisissent deux des trois cursus proposés : Affaires internationales, Affaires publiques, Communication. La troisième année se fait hors les murs, elle peut être divisée en deux semestres différents et peut consister en un stage ou un cursus universitaire à l'étranger.Près de 140 universités étrangères sont liées à l'IEP de Lyon par convention. Une solide formation en langues vivantes permet aux étudiants de partir au cours de leur scolarité en Europe (programme Socrates), au Moyen-Orient, en Amérique du Nord, Asie, Amérique Latine… Un stage court en fin de troisième année est proposé aux étudiants afin de les ouvrir au monde professionnel.
L'IEP propose aussi, en deux ans à partir de la première année, des diplômes d'établissement (DE) parallèles, concernant l'Europe (DEEE), les États-Unis (DELUSA), l'Amérique latine et les Caraïbes (DEALC), le monde extrême-oriental contemporain (DEMEOC) ou le monde arabe contemporain (DEMAC). L'apprentissage du portugais, du chinois, du japonais ou de l'arabe fait partie de ces trois derniers cursus.
En quatrième année, un choix doit être fait entre neuf parcours :
En cinquième année, douze programmes sont proposés :
Il est de même possible d'intégrer une autre spécialité de cinquième année dans un autre IEP tout en conservant son diplôme de l'IEP de Lyon ou bien de valider un M2 à l'université Lyon avec la même spécificité. Ces deux options augmentent ainsi grandement les possibilités virtuelles de spécialisation de l'IEP de Lyon.