La médecine ne fut pas l'apanage de Maïmonide, d'autres érudits du judaïsme, comme Juda Halevi avant lui, Abraham Maïmonide, Moshe ben Nahman, Joseph ibn Caspi, Lévi ben Guershom, Moïse Narboni, Salomon ben Adret et d'autres après lui furent médecins et vécurent de leur art, considérant que seul un corps sain peut œuvrer à sanctifier le monde. Cependant, aucun n'atteint la réputation de Maïmonide.
Maïmonide ne fait de la médecine sa subsistance qu'après le naufrage de son frère David, négociant de pierres précieuses, dans l'Océan Indien. Maurice-Ruben Hayoun y voit l'évènement fatal, qui fit du rabbin Moshe ben Maïmon la figure-phare du judaïsme de son temps, Rabbenou Moshe (notre Maître Moïse, par allusion à Moshe Rabbenou), le Sage de Fostat.
Maïmonide ne voit dans la maladie que l'interruption d'un processus biologique normal, qui peut certes résulter de la volonté de Dieu, mais Sa volonté n'est pas de répandre la maladie, sinon pourquoi aurait-Il crée les plantes médicinales et autres moyens de guérison?
Il ne croit pas davantage au mauvais œil, cette malédiction humaine affaiblissant la personne sujette de leur inimitié. Qu'importe si des Sages du Talmud y croient, d'autres Sages du Talmud s'y opposent, dont Rabbi Akiva, ce qui prouve que le peuple d'Israël a été affecté par les pratiques magiques des peuplades environnantes, allant jusqu'à interpréter des passages bibliques dans ce sens, alors que la Bible ne les mentionne nulle part de façon explicite.
Un autre trait marquant de Maïmonide est sa conception expérimentale, clinique avant la lettre, de la médecine. Bien qu'instruit des théories et pratiques de ses prédécesseurs, il ne se fie pas nécessairement à leur parole, et n'hésite pas à mettre en doute des remèdes établis, ainsi que son propre jugement lorsque l'état du malade ne s'améliore pas.
En fait de médecine, Maïmonide prône avant tout une hygiène de vie. S'assurant qu'une plainte ne résulte pas d'un trouble psychosomatique, il recommande, comme s'il s'agissait d'une prescription religieuse (et il s'agit effectivement d'une prescription religieuse), de maintenir la santé de son corps, et d'éviter toute substance pouvant y nuire (les Juifs orthodoxes s'appuient sur ce précepte pour interdire les drogues, et certains le tabac). Il est recommandé de manger et boire sans excès des mets digestes, de quitter la table en ayant encore un peu faim, d'éviter les aliments trop fermentés, de réfréner le nombre de rapports sexuels (Maïmonide vit en Orient, et le harem y est monnaie courante. S'adressant à des personnages importants et susceptibles, il leur suggère subtilement de « modérer leur activité physique »), d'avoir un cycle de sommeil régulier et harmonieux, d'éviter la sieste diurne, et d'attendre quelques heures après le repas du soir avant d'aller dormir.
L'occlusion intestinale étant une cause de mort fréquente, Maïmonide recommande de déféquer une fois par jour au moins, avec laxatifs si nécessaire.
Le choix des médicaments doit également être graduel. Une diète rigoureuse si le mal est léger. Des drogues ressemblants à des aliments sinon, et ne réserver les "drogues infectes" que dans les cas désespérés.
Ces principes peuvent sembler désuets de nos jours, et dictés par le bon sens, mais le « bon sens » de l'époque était celui de Galien, et recommandait des remèdes basés sur une compréhension sympathique, presque magique, de la maladie.
Maïmonide commence à pratiquer la médecine à la mort de son frère, David, lors d'un naufrage dans l'océan Indien. Il s'investit dans la médecine, tant et si bien qu'il ne tarde pas à être appointé médecin personnel d'Al-Afdhal, fils de Saladin. C'est à la demande d'Al-Afdhal que Maïmonide réalise la plupart de ses traités médicaux, notamment le Traité sur l'asthme, la Guérison par l'esprit, et d'autres.
Cette position, qu'occupe le meilleur de son temps, ainsi qu'il le décrit à Samuel ibn Tibbon, lui vaut un prestige considérable dans la communauté juive, mais aussi la jalousie des médecins musulmans. Si Maïmonide est circonspect sur les désagréments qu'il eut à subir, la postérité abonde en légendes où il est typiquement celui qui, contraint à mesurer son art en poisons et drogues à ses adversaires, ne veut ni mourir ni tuer, se bornant à concocter des antidotes, alors que la peur et le doute brûlent ses rivaux.
Néanmoins, il eut à en subir de vrais dommages, notamment les accusations calomnieuses d'avoir renié l'islam après avoir feint de l'embrasser (cf. supra), ce qui aurait bien pu lui coûter la tête. On retrouve ce genre d'histoire dans diverses biographies romancées de Maimonide, une étude des œuvres de Maimonide suffit à éclairer sa position à ce sujet; il n'adhère aucunement à l'islam qu'il considère comme héritier de diverses croyances de l'époque, mais n'est pas considéré comme un mouvement idolâtre car monothéiste (voir lettre à un élève musulman converti) ce qui ne l'empêche pas de débattre avec ses homologues musulmans. Dans sa conception, un juif ne peut et ne doit renier sa foi même si cela lui coute la vie (voir La lettre du Yemen) à plus forte raison pour une personne de son rang, une faute publique est alors bien plus grave et déshonorante. (voir aussi michné Thora à ce sujet, son œuvre magistrale). Une légende apocryphe inspirée de l'histoire de Rabbi Shimon bar Yochaï raconte qu'il dut se cacher sept ans dans une grotte pour échapper à leur vindicte.
C'est précisément l'un de ses adversaires qui apporte une preuve de son indéniable succès : le roi Richard Cœur de Lion lui aurait demandé de se mettre à son service.
La paternité de cette prière, qui orne le cabinet de bien des médecins et chirurgiens-dentistes juifs, n'est pas unanimement attribuée au « sage de Fostat », encore qu'elle soit rédigée dans son style. Fred Rosner (in la Médecine tirée du Mishneh Torah), par exemple, estime qu'elle ne peut être antérieure à 1783.