Aujourd'hui le musée ne recevant aucune subvention de la part de l'Université Pierre-et-Marie-Curie (qui l'héberge et dont il dépend), ni de la Mairie de Paris ou d'un ministère, ses frais ne sont couverts qu'en partie par les 3000 entrées annuelles.
Ces réserves faites, on peut dresser une liste approximative et incomplète des objets du musée.
Les pièces les plus spectaculaires, dont certaines sont parmi les plus anciennes, sont des représentations en cire de diverses lésions disséquées ou non disséquées. Certaines cires montrent les préoccupations didactiques de leurs auteurs. On peut ainsi voir trois moulages successifs à trois stades différents de la dissection d'un même anévrysme syphilitique de Chaussier et deux pièces de bec de lièvre représentées avant et après opération. L'opérateur était Antoine Dubois (1756-1837), et les interventions datent de 1799 et de 1802.
De la même époque que les premières cires datent des pièces glycérinées, et notamment plusieurs anévrysmes de l'aorte portant la signature de René Laennec (1781-1826) et diverses pièces d'injections vasculaires. Il y a également quelques sculptures sur bois, probablement de la fin du XVIIIe siècle, et diverses pièces ou lésions représentées en plâtre, en papier mâché, et en divers autres succédanés de la cire.
Si les cires sont les pièces les plus spectaculaires du musée, et sans doute celles dont la valeur historique et artistique est la plus grande, les pièces les plus nombreuses sont cependant des pièces osseuses. On en recense plusieurs milliers, allant du squelette complet aux crânes ou aux fragments osseux ou ostéo-articulaires. Le squelette le plus ancien est celui d'une prodigieuse ostéomalacie gravidique présentée à l'Académie de chirurgie en 1752. Le squelette le plus récent est celui d'un jeune noir atteinte de pian avec goundou, apporté en 1926 au musée par le médecin colonel Bothereau-Roussel. Entre ces deux dates, on déposa au musée toutes les variétés imaginables de tuberculoses ostéo-articulaires, de syphilis osseuses, de cals vicieux, d'ostéomyélites chroniques, de tumeurs osseuses, de rachitisme, de scolioses et de bassins dystociques. Une des vedettes de la collection est le squelette du dénommé Pipine, phocomèle parvenu à l'âge adulte dans la seconde moitié du XVIIIe siècle. Son squelette voisine avec sa statue en cire, le montrant tel qu'il s'exhibait dans les foires.
La troisième catégorie d'articles du musée est constituée d'une grande série de bocaux contenant des pièces immergées dans un fixateur spécial dont les anciens laborantins de la chaire d'anatomie pathologique avaient le secret. Ces pièces sont pour la plupart très décolorées, mais certaines sont de pathologies disparues, au moins du monde occidental. Certaines ont une valeur historique unique, tel le cerveau de "Tan", surnom donné au patient qui permit à Paul Broca (1824-1880) de décrire l'aphasie et d'élaborer la doctrine des localisations cérébrales.
Il y a une importante collection de fœtus malformés, sous forme de squelettes ou sous forme de fœtus entiers dans des bocaux, avec quelques pièces de tératologie animale.
La fondation Dejerine comporte la collection complète des tirages à part de Jules Dejerine (1849-1917), sa bibliothèque, les planches originales de son Anatomie du système nerveux central, ses microscopes, et ses collections de lame d'anatomie normale et de pathologie humaine et comparée. La série complète de photographies sur verre en noir et blanc des différentes sections du système nerveux central qu'il utilisa pour son œuvre anatomique, et que l'on peut consulter grâce à un négatoscope spécial, a été conservée. Dejerine lui-même, est photographié à son microscope en compagnie de sa femme, née Augusta Klumpke (1859-1927). D'origine américaine, elle fut la première femme interne des hôpitaux et sans doute aussi la première femme anatomo-pathologiste.
Il y a aussi l'ensemble des photographies macroscopiques faites par Désiré-Magloire Bourneville (1840-1909) sur tous les cerveaux des patients de l'hôpital de Bicêtre dont il eut à faire l'autopsie.
La bibliothèque du musée Dupuytren possède la plupart des ouvrages du XVIIIe siècle ou du XIXe siècle où il est question d'anatomie pathologique. Il y a aussi deux exemplaires des ouvrages de Bonnet, plusieurs exemplaires des œuvres de Morgagni, des ouvrages de Bichat, Laennec et leurs contemporains. La thèse de Dupuytren et la thèse de Cruveilhier figurent dans les recueils de thèses du premier quart du XIXe siècle. On trouve les atlas de Cruveilhier et de Lebert (4) ainsi que les ouvrages de Letulle et un exemplaire des œuvres complètes d'Hippocrate et de Galien ayant appartenu à Dupuytren.
L'inventaire de la bibliothèque reste à faire, et il est malheureusement impossible actuellement d'y faire accéder les chercheurs d'une façon régulière.