Alors qu’aux Champs on résiste à l’archevêque Beaumont de Péréfixe, les religieuses de Paris, et notamment la prieure, signent le Formulaire dans le courant de l’année 1665. Les religieuses parisiennes récalcitrantes, accompagnées des seize religieuses exilées, sont envoyées à Port-Royal-des-Champs. Le monastère compte alors quatre-vingt-seize religieuses, surveillées en permanence par quatre gardes, qui leur imposent brimades et interdictions. L’abbesse de Port-Royal des Champs n’est plus reconnue en tant que telle : l’archevêque ne reconnaît comme légitime abbesse que celle de Paris. La mère Madeleine de Ligny n’assure donc plus que la fonction de supérieure de la communauté. Les religieuses sont coupées du monde jusqu’à la Paix de l'Église qui survient à l’été 1668.
Le 13 février 1669, l’évêque de Meaux, qui est aussi le frère de l’abbesse, se rend à Port-Royal, accompagné secrètement par Antoine Arnauld et Louis-Isaac Lemaistre de Sacy. Tous trois convainquent les religieuses de signer la requête de l’archevêque. Le 18 février, elles peuvent à nouveau recevoir les sacrements et accueillir pensionnaires et novices. En revanche, le monastère de Port-Royal de Paris reste séparé de celui des Champs. Quelques mois plus tard, l’abbesse est remplacée par la mère Marie de Sainte-Madeleine Angennes du Fargis, qui prend Angélique de Saint-Jean Arnauld d'Andilly, nièce de la Mère Angélique et de la mère Agnès, comme prieure.
Les Solitaires et les amis de Port-Royal, comme la duchesse de Longueville, reviennent s’installer aux Granges ou à l’abbaye. De nombreux travaux sont entrepris, notamment l’achèvement des quatre côtés du cloître. Celui-ci est prolongé jusqu’à l’infirmerie et aux bâtiments des enfants. Les travaux sont achevés en 1671.
Source : Calendrier historique et chronologique de l'Eglise de Paris, par A.M. Le Fèvre prêtre de Paris et bachelier en théologie, 1747