La genèse de ces formations de stromatolithes par des organismes vivant a été très controversée, mais la découverte et l'étude de stromatolithes encore actifs en Australie à Shark Bay (WA) puis dans quelques autres endroits du monde a convaincu les géologues que les feuillets minéraux structurant les stromatolithes anciens ont pu être lentement créés au fil du développement des colonies microbiennes en couches successives.
Deux mécanismes principaux ont été identifiés : les cyanobactéries lors de leur croissance en colonies ou amas forment un plexus de filaments bactériens qualifié de matrice mucilagineuse procaryotique ou encore de matte bactérien. Le mucilage qu'elles produisent est capable de piéger certaines des particules en suspension disponibles dans l'eau qui finissent par former une croute riche en bicarbonates solubles et en carbonates de calcium insolubles qui durcissent cette croute.
Certaines autres bactéries peuvent aussi précipiter le calcium en calcaire à l'intérieur de la cellule, en cristaux insolubles qui perdureront après la mort de la bactérie.
Ils sont devenus très rares, mais des structures récifales qui semblent tout à fait similaires aux stromatolithes constitués il y a plus de 3 milliards d'années continuent à se construire actuellement. On en trouve de taille, structures et couleurs (gris-bleu, jaune crème, rougeâtre à presque noir) différentes, en quelques points du globe ; sur le littoral marin ou de lacs (Lac de Île Rottnest WA) en lagune ou lac saumâtre (Lac Clifton, WA) voire en eaux douce (Lac Richmond, WA) tous caractérisés par des eaux chaudes (27 à 35°C). Les sites les plus connus sont :
De très nombreuses sources chaudes sulfureuses, comme au Parc national de Yellowstone, abritent des cyanobactéries créant souvent des structures stromatolithiques, bien qu'elles soient moins nombreuses et différentes que les espèces vivant dans des eaux moins chaudes.
Ils ont des formes, tailles, densité qui varient selon les sites géographies, et localement selon un gradient de profondeur, le sens du vent et des vagues (ils s'allongent dans ce sens). Là où ils sont le plus variés, à thetis Lake, on distingue
Leur croissance est très lente : à Shark Bay on a mesuré un gain annuel de moins d'un demi millimètre (0,4 mm) par an.