En tant que roche biogénique, elles portent la trace des organismes et organisations vivantes les plus anciennes ils ne sont pas les restes d'un organisme particulier, mais la fossilisation d'un récif non corallien. Les cyanobactéries actuellement dominantes sur ces structures, si elles l'étaient également dans les temps précambriens, sont un indice d'activité photosynthétique et donc de puits de carbone et de production significative d'oxygène à un moment très ancien de l'histoire de l'atmosphère primitive. En l'absence d'un contre-modèle biologique, c'est cette hypothèse qui prévaut en sciences de la Terre Ces récifs microbiens une fois fossilisés donnent aux roches des structures variées dont l'étude nous permet de mieux rétrospectivement comprendre le passé, y compris climatique. Sont souvent qualifiés de « stromatolithiques » tous les récifs fossilisés présumés formés par l'activité de micro-organismes bioconstructeurs.
Par activité photosynthétique, le carbone 12 (12C) disponible dans le gaz carbonique dissous est fractionné préférentiellement avec le carbone 13 (13C), ce second isotope se retrouvant en excès dans l'eau des océans : il constitue de ce fait un bon proxy géochimique des variations de l'activité autotrophique au Précambrien. En plus du piégage sédimentaire, les colonies bactériennes sont donc responsables d'une partie de la précipitation des carbonates et de sels de fer. Lorsqu'une matrice microbienne est saturée, les filaments meurent et servent de support solide calcaire au développement d'une autre matrice, par activité microbienne renouvelée.
Le mucilage et la structure multicouche produits par ces bactéries très anciennes (et dites pour cette raison "primitives") pourrait tous deux avoir comme origine la sélection naturelle ;
Lorsque ces organismes sont apparus et ont commencé à coloniser la zone intertidale et les lagunes arrières-littorales des terres à cette époque émergées, l'absence d'oxygène dans l'atmosphère, puis sa rareté, n'ont longtemps pas permis l'existence d'une couche d'ozone telle que celle qui nous protège aujourd'hui des radiations solaires et en particulier des UV, mortels pour les bactéries.
Cette substances gélatineuse a pu jouer un rôle d'écran solaire anti-radiations UV. Ce rôle existait peut-être encore chez la Faune de l'Édiacarien, plus complexe mais dont les fossiles laissent penser qu'elle était constituée d'organismes animaux gélatineux comme le sont les méduses.
De nos jours, on peut encore observer des colonies bactériennes (ex nostoc ou des algues supérieures qui supportent d'être exposées plusieurs heures au plein soleil à marée basse grâce à un mucus ou une substance mucilagineuse.
De son côté, le feuillet externe de calcaire biogénique (formée par les colonies de cellules à partir d'un biofilm "externe" et de la substance mucilagineuse qui facilite la précipitation du calcium en calcaire) semble jouer plusieurs rôles complémentaires.
Deux autres hypothèses sont évoquées, notamment par James Lovelock dans son hypothèse Gaïa et ses développements ultérieurs :