On trouve sous la gorge de certaines chèvres deux appendices qui n'ont apparemment aucune fonction…
Bien que la liste des structures vestigiales humaines est maintenant restée plus ou moins la même, l'utilité relative de certaines structures de la liste est sujet à débat. Ci-dessous sont données certaines des structures souvent incluses dans cette liste :
L’appendice est un vestige du cæcum, un organe qui était utilisé pour digérer la cellulose par les ancêtres herbivores des humains. Des organes analogues chez d'autres animaux similaires aux humains continuent à exercer cette fonction, alors que d'autres animaux mangeurs de viande sont susceptibles d'avoir des appendices diminués de manière similaire. Cependant cette qualification est remise en cause par des chercheurs du Centre médical de l’université Duke (Durham, Caroline du Nord, États-Unis) qui expliquent que le rôle de l'appendice est fondamental dans la survie de l'espèce car il sert d'abri à des bactéries assurant le bon fonctionnement de l'appareil digestif et empêchant l'installation de bactéries pathogènes en cas d'indigestion suivie de diarrhée. Cet organe aurait donc toute son utilité chez les populations des pays en voie de développement fréquemment sujets à ce genre de pathologies. Par ailleurs, l'appendice produit une partie des immunoglobulines de notre organisme.
Le coccyx est le vestige de la queue (appendice caudal) ayant été perdu chez l'homme. Il y a de petits muscles qui y sont attachés, ils sont eux-mêmes vestigiaux.
Le plica semilunaris (petit morceau de tissu dans le coin de l'œil) est le vestige de la membrane nictitante de certains vertébrés (troisième paupière reptilienne).
Organe vestigial des griffes reptiliennes. Les ongles ont un rôle certes réduit par rapport aux antiques griffes, mais ne sont pas moins fonctionnels.
Les reptiles sont des ovipares amniotes. Au cours de l'évolution, les mammifères sont toujours des amniotes. La conservation de l'amnios est bénéfique, car il permet de protéger l'embryon des chocs et de la déshydratation. C'est aussi une adaptation de la vie aquatique à la vie terrestre.
Du fait que les organes vestigiaux sont utilisés comme des preuves étayant la théorie de l'Évolution, certains créationnistes s'opposent à la validité de cette idée. Ils mettent en doute le fait que ces organes soient vraiment inutiles, puisqu'ils croient que Dieu a donné à chaque organisme ses organes pour une raison et un usage spécifiques.
S.R. Scadding (lui-même évolutionniste) du département de zoologie de l’université de Guelph affirmait :
« Au fur et à mesure de l'augmentation de nos connaissances, la liste des structures vestigiales a diminué. Wiedersheim pouvait en répertorier environ 100 chez l’humain, les auteurs récents en décrivent habituellement 4 ou 5. Même cette courte liste de structures vestigiales chez l’humain est discutable. »
« Anatomiquement, l’appendice démontre des évidences de fonction lymphatique… »
« Le coccyx sert de point d’attache à plusieurs muscles et ligaments incluant le gluteus maximus. »
« Le pli semilunar de l’œil participe au nettoyage et à la lubrification du globe oculaire. »
« Puisqu'il est impossible d'identifier sans ambigüité les structures inutiles et puisque la structure de l'argumentation utilisée n'est pas valide scientifiquement, j'en conclus que les organes atrophiés ne constituent pas une preuve pour la théorie de l'évolution. »
Le tout est de comprendre ce qu'on identifie comme structures vestigiales, ce qui montre l'ambigüité de cette notion. Les structures (identifiées comme) vestigiales sont des indices d'un processus évolutionniste si elles sont comparées aux structures homologues des espèces apparentées qui ont un développement différent, ainsi que la comparaison avec les lignées éteintes. C'est dans cette perspective que cette notion a sa pertinence.