L'université de la Nouvelle-Calédonie est présidée depuis le 27 juillet 2007 par Jean-Marc Boyer, maître de conférences de physique et ancien 1er vice-président de l'université de 2005 à 2007. Il est secondé par trois vice-présidents : les deux premiers sont des enseignants dont l'un en charge des études et l'autre en charge du tutorat, et enfin un vice-président étudiant.
Le président de l'Université est de fait également celui du conseil d'administration et du conseil scientifique.
Le conseil d'administration est composé de 37 membres, dont 7 personnalités extérieures (3 représentants du Congrès de la Nouvelle-Calédonie, 1 de l'Assemblée territoriale de Wallis-et-Futuna, 1 de l'université d'Auckland, le directeur général de la Société Le Nickel ou son représentant, le chargé de mission pour la recherche et la technologie au Haut-commissariat), 6 représentants des professeurs des universités, 5 des maîtres de conférences, 1 des chargés d'enseignement, 6 des étudiants, 3 des IATOS et 9 membres de droit (le directeur du centre IRD de la Nouvelle-Calédonie, celui de l'IUFM du Pacifique, les directeurs des trois départements de l'université, celui du Centre des ressources informatiques CRI, celui du Service commun de la documentation SCD ainsi que la secrétaire générale et l'agent comptable de l'université). Le haut-commissaire de la République en Nouvelle-Calédonie ainsi que le vice-recteur de la Nouvelle-Calédonie assistent aussi aux réunions du conseil d'administration sans en être membres.
Le conseil scientifique est composé de 29 membres, dont 6 personnalités extérieures (1 représentant du Congrès de la Nouvelle-Calédonie, celui du gouvernement de Nouvelle-Calédonie en charge du secteur de la recherche, le directeur de l'une des quatre sociétés publiques de développement économique territoriale ou provinciales, les directeurs de deux organismes de recherches locaux, le représentant de l'une des universités partenaires de l'UNC), 8 représentants des professeurs des universités et assimilés, 4 représentants des personnels habilités à diriger des recherches, 4 des personnels pourvus d'un doctorat, 1 des autres personnels enseignants et chercheurs, 2 représentants des ingénieurs et techniciens, 1 des autres personnels et 3 des étudiants du 3e cycle universitaire. En sont également membres de droit le directeur du SCD, la secrétaire générale et l'agent comptable de l'université. Enfin, le chargé de mission pour la recherche et la technologie au Haut-commissariat en est un invité permanent.
Y sont employés 87 enseignants-chercheurs et enseignants, dont :
À cela il faut ajouter un certain nombres de personnalités extérieures venant enseigner en tant que vacataires, ainsi que les missions organisées d'enseignants-chercheurs d'autres universités françaises, de métropole ou des régions ou collectivités d'outre-mer.
Enfin, l'Université de Nouvelle-Calédonie compte 55 agents administratifs et de bibliothèque IATOS.