Mythologie
75 épisodes constituent l'arc principal de la série, aussi appelée mythologie, ou encore mytharc. Ils sont listés ci-dessous. Les épisodes marqués d'une astérisque ne sont pas indispensables à la compréhension de la mythologie, mais sont régulièrement cités par les fans comme éclairant et explicitant grandement ladite mythologie.
- Saison 1 : Nous ne sommes pas seuls, Gorge profonde, L'enlèvement, L'ange déchu, Eve*, Vengeance d'outre-tombe, Entité Biologique Extraterrestre, Les hybrides
- Saison 2 : Les petits hommes verts, Insomnies, Duane Barry (1/2), Duane Barry (2/2), Coma, Le musée rouge, La colonie (1/2), La colonie (2/2), Contamination*, Ombre mortelle, Anasazi
- Saison 3 : Le chemin de la bénédiction, Opération presse-papiers, Monstres d'utilité publique (1/2), Monstres d'utilité publique (2/2), L'épave (1/2), L'épave (2/2), Hallucinations*, Anagramme
- Saison 4: Tout ne doit pas mourir, L'homme à la cigarette*, Tunguska (1/2), Tunguska (2/2), Journal de mort, Tempus fugit (1/2), Tempus fugit (2/2), Nid d'abeilles, Crime de mémoire, Le baiser de Judas
- Saison 5 : Le complot, La voie de la vérité, Les Bandits solitaires*, Emily (1/2), Emily (2/2), Patient X (1/2), Patient X (2/2), La fin
- Saison 6: Le commencement, Zone 51* (1/2), Zone 51* (2/2),Compte à rebours, Toute la vérité (1/2), Toute la vérité (2/2), Le grand jour*, Biogenèse
- Saison 7 : La sixième extinction (1/2), La sixième extinction (2/2), Délivrance (1/2), Délivrance (2/2), En Ami, Requiem
- Saison 8 : Chasse à l'homme (1/2), Chasse à l'homme (2/2), Per Manum, Espérance, Renaissances, Confiance, Vienen, Essence (1/2), Essence (2/2)
- Saison 9 : Nouvelle génération (1/2), Nouvelle génération (2/2), Ne faites confiance à personne, La prophétie (1/2), La prophétie (2/2), William, La vérité est ici.
Chronologie de la mythologie de la série
- 35000 avant JC : deux hommes préhistoriques découvrent une caverne abritant un alien et de l'huile noire au Texas.
- 30 juin 1908 : une météorite contenant de l'huile noire tombe dans les alentours de Tunguska, Russie.
- vers 1940 : naissance de C.G.B. Spender qui sera plus tard connu comme l'homme à la cigarette, Le Fumeur.
- Juin 1947 : premier contact avec les extraterrestres.
- 4 avril 1960 : naissance de John Doggett.
- 13 octobre 1961 : naissance de Fox Mulder.
- 30 octobre 1963 : C.G.B. Spender est recruté par le gouvernement de l'ombre pour tuer John F. Kennedy.
- 22 novembre 1963 : Spender prépare son meurtre en manipulant un de ses collègues, un dénommé Lee Harvey Oswald. Il met en garde ce dernier contre les dangers du tabac mais récupère pourtant son paquet de cigarettes : des Morleys. Spender exécute Kennedy sans problème depuis une bouche d’égout. Oswald comprend qu’il s’est fait manipuler, poursuivi par la police, il tue J. D. Tippit et se précipite vers un cinéma dans lequel il devait retrouver Spender. Arrivé dans le cinéma, la police encercle Oswald et l’arrête. Au fond de la salle, Spender assiste au spectacle et s’allume une cigarette.
- 23 février 1964 : naissance de Dana Scully.
- 13 mars 1968 : naissance de Monica Reyes.
- 4 avril 1968 : C.G.B. Spender tue Martin Luther King.
- 13 octobre 1973 : on apprend que les extraterrestres veulent coloniser la Terre. Le gouvernement de l'ombre décide de collaborer pour obtenir sa sécurité.
- 27 novembre 1973 : La sœur de Mulder, Samantha, est enlevée par des extraterrestres, sous les yeux de son frère. (Dans la saison 1, elle aurait été enlevée dans sa chambre et Fox le voit de son lit (comme expliqué dans ses hypnoses régressives) mais dans le flash-back du premier épisode de la saison 2 Samantha et Fox sont dans le salon.)
- 1978 : Mort de Samantha, après avoir été restituée puis enlevée à nouveau plusieurs fois.
- 1979 : Le gouvernement russe découvre que le père de Alex Krycek est un espion, qui se fera alors exécuter avec sa femme, laissant le jeune Alex orphelin.
- Années 1980 : Alex passe les 10 années qui ont suivi avec le dirigeant du goulag de Tunguska, apparemment un personnage puissant de l’armée russe. Cet homme était un ami du père de Krycek, mais a également autorisé son exécution. Il avait des regrets d’avoir dû faire ce choix, et c’est la raison pour laquelle il s’est occupé de Krycek.
- 3 juin 1985 : abduction de Duane Barry. Ce dernier avait quitté le FBI trois ans auparavant en raison d'un accident dans l'exercice de ses fonctions.
- 9 janvier 1986: naissance de Luke Doggett, fils de John qui sera enlevé et tué en 1993.
- 1988 : Mulder est assigné à l'Unité des Crimes Violents, sous la supervision de Reggie Purdue, l'agent Mulder se distingue lors de la traque du pilleur de banques John Barnett.
- 1989 : Mulder rencontre pour la première fois les Bandits solitaires.
- 1990 : Reyes devient agent du FBI.
- 1991 : création du département des affaires non-classées avec Fox Mulder et Diana Fowley. Scully entre au FBI pour enseigner la médecine légale au Centre de Formation de Quantico en Virginie. Krycek est appelé à un rendez-vous secret à Saint-Pétersbourg. Il trouve le dirigeant du goulag et un vieil agent : Vassily Peskow. On révèle tout à Krycek sur son père et on le charge d’une mission. Il doit se faire passer pour un soldat américain en Arabie Saoudite pour en apprendre plus sur les projets d’armes biochimiques américains. On l’informe qu’un contact des Nations unies (Marita Covarrubias) là-bas lui parlera.
- 6 mars 1992 : Scully est mutée pour surveiller Mulder (début de la série).
- 21 décembre 2012 : Fin du calendrier maya.
- 22 décembre 2012 : Colonisation de la Terre par les extraterrestres.