La construction d'incinérateurs, tout comme l'implantation de décharges ou même parfois d'une déchèterie, fait presque toujours l'objet de vives polémiques. Elle est de plus en plus mal acceptée, non seulement par les riverains, mais par le monde agricole et certaines entreprises agroalimentaires (la conserverie Bonduelle par exemple dans le Nord de la France, qui proteste contre l'installation d'un grand incinérateur (« Flamoval ») "au vent" de ses principales zones de production légumière). L'incinération permet de limiter le recours à la décharge, mais faute de réduction des déchets à la source, le tonnage incinéré ne cesse d'augmenter, ainsi donc que le volume de résidus, d'autant plus toxiques que l'efficacité de la filtration a été améliorée.
Dans les années 1980 et 1990, les pouvoirs publics, dans les pays riches ont souvent mis l'incinération sur le même plan que la décharge, laissant les pouvoirs locaux se déterminer pour l'une ou l'autre de ces solutions, tout en encourageant de plus en plus le tri sélectif des déchets pour diminuer les tonnages incinérés, et en limiter la teneur en eau (déchets alimentaires, bouteilles non vidées..).
Certaines collectivités évitent toute incinération, mais au prix du recours à l’enfouissement (ou stockage) d'une partie des déchets, même après un tri poussé. Le développement d'écoproduits pourrait à l'avenir permettre un taux bien plus élevé de recyclage ou réutilisation.
Notamment pour respecter le protocole de Kyoto, les autorités tendent à encourager le tri-recyclage, mais aussi parfois à renforcer les filières de valorisation énergétique ; méthanisation (encore très marginale en France) et/ou incinération, la méthanisation permettant aussi la valorisation de la matière organique, comme le compostage, mais nécessitant des déchets exempts de contaminants non biodégradables ou biocides. La valorisation-matière permet de fortement limiter les quantités de déchets à mettre en décharge ou à incinérer.
L'incinération reste promue en cas de crise sanitaire (Cf. élimination de déchets à risque, contaminés (vaches folles, grippe aviaire…) ou pour le traitement de certains déchets hospitaliers, avec les précautions adéquates. Cette méthode ne convient pas pour les crises de type Tchernobyl.
La crémation des cadavres jouit d'une forte acceptabilité dans le public, mais semble également pouvoir poser des problèmes environnementaux que ses promoteurs n'avaient pas pris en compte. Elle est, de plus, moins normée et moins contrôlée.