Les geckos sont dotés d'une bonne vue et ils perçoivent les couleurs. Leur œil peut prendre deux formes selon les espèces :
L'œil est quasiment dépourvu de blanc, et la couleur de l'iris est très variable selon les espèces : gris, marron, orange, doré, rosé. L'iris présente souvent des motifs, sous forme de stries ou lignes fines plus sombres.
Comme les serpents, les geckos vrais sont dépourvus de paupières et possèdent une écaille transparente qui protège l'œil. Ceci n'est pas le cas des animaux de la sous-famille des Eublepharinae qui eux possèdent des paupières, contrairement aux autres sous-familles.
Les geckos sont dotés d'une excellente ouïe. Ils perçoivent des fréquences sonores sur une gamme très étendue (à préciser).
Comme les autres lézards, les geckos peuvent sentir les odeurs grâce à un organe spécifique : l'organe de Jackobson.
Ils recueillent les molécules odorantes sur leur langue (ils donnent alors l'impression de « lêcher » l'air) et les posent en contact avec cet organe qui joue alors le même rôle que l'odorat chez les mammifères.
Au contraire de la plupart des lézards, la langue des geckos n'est pas bifide (langue « fourchue » des serpents et lézards) mais charnue, généralement rose plus ou moins foncé.
Le sens du toucher est relativement peu développé chez les geckos. Ils ont une bonne sensibilité au niveau de la bouche et de la langue, mais le reste du corps est peu sensible.
Ils sont de plus conditionnés par leur environnement et ne savent parfois pas identifier des stimuli inhabituels. C'est par exemple le cas de la chaleur qui ne provient que rarement du sol dans la nature. Certains geckos se sont ainsi brûlé sur la face ventrale en se posant sur un objet brûlant, sans avoir le réflexe de se déplacer.
Comme pour les autres lézards, la peau des geckos est couverte d'écailles. Selon les espèces, les écailles sont fines et plates, quasiment invisibles, avec un aspect satiné. Elles peuvent également être assez grandes et épaisses, voire former de petites bosses ou piquants. Elles n'atteignent cependant pas la variété de forme d'autres lézards comme chez certains caméléons, agames ou autres iguanes.
La peau des geckos peut prendre de très nombreuses couleurs, et certaines espèces en présentent de très vives et très contrastées comme chez les Phelsuma. On rencontre ainsi du blanc, du beige, toutes les teintes de brun, vert, bleu, jaune, noir, orange.
Les motifs formés par ces couleurs sont également variés. On rencontre ainsi des rayures, points, taches, lignes et dégradés.
Certaines espèces sont passées maître dans l'art du camouflage, adaptant les teintes et motifs de leur environnement. Les plus spectaculaires en ce domaine étant sans doute les Uroplatus dont les couleurs, motifs et la forme elle-même imitent les feuilles (Uroplatus phantasticus), le lichen (Uroplatus sikorae), les écorces…
La plupart des geckos peuvent devenir plus ou moins foncés en fonction de leurs besoins en chaleur (mécanisme permettant d'absorber plus ou moins de chaleur).
La mue est un phénomène de renouvellement de la peau de l'animal, celle-ci ne grandissant pas en même temps que lui.
Les geckos grandissent toute la vie durant, même si cette croissance ralentie une fois adultes. À intervalles réguliers la peau devient trop petite et se décolle du corps. La durée de la mue est variable en fonction de l'âge, de l'espèce, de l'état de santé et des conditions externes. La mue complète peut prendre de un ou deux jours à plus d'une semaine. La peau se détache par grands lambeaux, en général d'abord au niveau de la tête et du corps, puis de la queue et des pattes. L'écaille transparente de protection des yeux mue également, ce qui peut occasionner une baisse de l'acuité visuelle durant la durée de la mue.
Certaines espèces consomment la peau au fur et à mesure. Les hypothèses quant à la cause de ce comportement sont la récupération de nutriments présents dans la peau, ou encore une technique d'accélération de la mue.
Plusieurs problèmes peuvent apparaître durant la mue. Pour les espèces vivant en milieu humide une hygrométrie trop faible perturbe le décollement de la peau, allongeant la durée totale de la mue. Cet allongement se produit également lorsque l'animal est en mauvaise santé ou n'a pas assez chaud, à cause du ralentissement du renouvellement de la nouvelle peau.
Les problèmes de mues ne sont pas généralement graves en eux-mêmes mais ils perturbent la vie de l'animal, en gênant sa vue ou ses mouvements, et pour les espèces arboricoles en réduisant l'efficacité des setæ et donc en limitant leur capacité d'escalade.
Une grande majorité des espèces de geckos est arboricole. Ils possèdent sous les doigts des setæ qui leur permettent d'escalader n'importe quelle surface (y compris des vitres ou marcher la tête en bas). Ce sont de microscopiques poils qui leur offrent une adhérence très grande grâce aux forces de Van der Waals qui s'exercent entre l'extrémité de ces poils et les objets, au niveau moléculaire.