Attenant au côté sud de l'édifice, le Campo Santo (ou cloître Saint-Jean) était le cloître funéraire de la cathédrale. Il est d'ailleurs la plus ancienne construction de ce type subsistant en France. Sa construction débuta selon toute vraisemblance au tout début du XIVe siècle (voire fin XIIIe), et s'étala durant toute la première moitié du XIVe.
Après la Révolution, des constructions parasites vinrent se greffer sur l'édifice, qui fut alors sévèrement endommagé. Il faudra attendre 1984 pour que la décision soit prise par le conseil général des Pyrénées-Orientales de dégager l'emprise du cloître. La restauration s'acheva en 1991.
Il ne reste donc plus aujourd'hui que les enfilades des enfeus, dont une bonne partie a été rétablie lors des restaurations. Quelques éléments de sculptures (pierres funéraires, bas reliefs) sont intégrés dans les parois de ceux-ci. Les galeries en claires-voies qui entouraient le cloître ont disparu au cours du XIXe siècle, et lors du déblaiement du site de nombreux éléments (colonnes, chapiteaux) les constituant ont été déblayés et transportés au Couvent des Minimes de Perpignan pour les entreposer. On pourrait envisager un rétablissement partiel de ces galeries pour donner une idée de ce qu'avait pu être le monument avant son démantèlement, comme ce qui a été fait pour le cloître de l’abbaye de Cuxa, dont environ la moitié a pu être rétablie.
La cathédrale actuelle est du plus pur style gothique méridional : large nef unique (80 mètres de longueur, 18 de large, 26 de hauteur) de sept travées s'ouvrant sur un transept et une vaste abside à sept pans.
La façade occidentale ne semble pas avoir été achevée. Lors des restaurations aux XIXe et XXe siècles, la fenêtre gothique de la façade fut rétablie, des photographies anciennes montrant la façade percée d'une grande baie rectangulaire. Le porche, ainsi que l'actuelle tour de l'horloge, furent établis au XVIIIe siècle.
Le mobilier de la cathédrale est riche. Parmi les nombreuses pièces, il est à mentionner le retable du maître-autel (XVIe au XIXe siècle, il eut une histoire mouvementée), l'orgue (dont l'origine remonte à 1504 : les panneaux peints et sa décoration remontent à cette date), les vitraux néo-gothiques (deuxième moitié du XIXe siècle), et bien sûr le splendide Dévot Christ du XIVe siècle (exposé dans la chapelle du même nom, attenante à la cathédrale et dont l'origine remonte au XVIe siècle).
Le 12 octobre 2007, quelques objets liturgiques ont été volés au cours de la nuit. Heureusement, la majorité des pièces ne remontaient qu’au XIXe siècle et n’avaient pas de réelle valeur artistique ou historique.
L'origine de l'église semble remonter au Xe siècle (voire au IXe siècle), lorsque les comtes du Roussillon entreprirent la construction de leur résidence sur ce site (palais dont il ne reste malheureusement presque plus rien aujourd'hui, si ce n'est semble-t-il quelques éléments difficile d'accès). Des fouilles entreprises lors des restaurations de 1985 en ont révélé l'existence sous la nef centrale.
Cet édifice est reconstruit et agrandi au début du XIe siècle (il est consacré en 1025 par l'évêque d'Elne).
Environ un siècle plus tard, en 1102, un chapitre de chanoine est établi à Saint Jean, qui fait alors l'objet de travaux d'agrandissement : le chevet à trois absides et le transept sont alors, selon tout vraisemblance, construit à cette période.
Au début du XIIIe siècle l'église est de nouveau trop exiguë, et deux collatéraux viennent flanquer la nef de part et d'autre.
Enfin, avec la prospérité engendrée par le trop éphémère royaume de Majorque, on décide au XIVe siècle l'établissement d'un édifice beaucoup plus vaste : c'est alors que commença, en 1324, la construction de l'église actuelle, qui devint cathédrale en 1601.
Au XVIIIe siècle, le chevet roman de l'église fut amputé de son absidiole gauche et de la majeure partie de l'abside centrale, et à la toute fin du XIXe siècle une usine électrique est installée dans l'église qui va alors être sérieusement détériorée. Sa restauration fut entreprise à partir des années 1970 avec le démantèlement de l'usine et les fouilles dans les années 1980.
L'édifice se compose aujourd'hui d'une nef dotée de collatéraux de 4 travées, terminée par un transept et un chevet dont seule l'absidiole droite subsiste à ce jour (l'abside majeure ne subsiste que très partiellement et l'absidiole gauche a été totalement détruite au XVIIIe siècle).
Le portail méridional de l'édifice mérite d'être mentionné : en marbre blanc, il est daté du XIIIe siècle. Sa composition est très originale, avec une division de la partie inférieure du tympan en deux arcs plus petits et séparés par une clef pendante sculptée d'un splendide Christ, dont l'attitude est saisissante. Le portail est attribué (notamment pour le Christ) au sculpteur Raymond de Bia, auteur signataire de reliefs funéraires ornant le cloître d'Elne.
Aujourd'hui l'édifice n'est pas visitable, si ce n'est le croisillon gauche, Notre Dame dels Correchs (Notre-Dame des Ravins), à partir de la cathédrale gothique. Ce croisillon supporte le clocher roman, dont seule la partie inférieure est médiévale : il a été surmonté de trois étages en brique au début du XVIIIe siècle.