À la tête de l'administration du CROUS, on trouve un directeur, qui représente le CROUS, signe les conventions, supervise les services centraux, prépare le travail du conseil d'administration et exécute ses décisions, un gestionnaire principal (aussi appelé secrétaire général ou directeur adjoint qui assiste le directeur et supervise les gestionnaires d'unités de gestion (restos et cités U) et coordonne les services administratifs centraux, un agent comptable, comme dans tous les établissements publics, et des chefs de service : service social, communication et culture, vie de l'étudiant (dossier social étudiant), ressources humaines, marchés publics, contrôle de gestion, etc.
Le personnel des CROUS est composé pour une petite part de fonctionnaires d'État, issus soit de l'Éducation nationale (ATOS), soit de l'enseignement supérieur et de la recherche (ITARF). Le reste, très majoritaire, des agents sont des contractuels (agents non-titulaires de l'État, dénommés « personnels ouvriers »), liés par un contrat de travail de droit public avec leur CROUS d'exercice. Les contrats de travail sont pour la plupart à durée indéterminée (CDI). Mais les CROUS ont recours de plus en plus aux contrats à durée déterminée (CDD), du fait principalement des grandes variations d'activité durant l'année universitaire.
Ces agents contractuels travaillent exclusivement dans les établissements, restaurants et résidences (cuisiniers, magasiniers, agents de service, entretien des locaux, concierges, etc.). Les fonctionnaires exercent quant à eux pour la plupart dans les services administratifs (sièges des CROUS et des CLOUS), ou dans les unités de gestion (gestionnaires de résidence et/ou de restaurant universitaire), secrétaires d'unité de gestion (facturation, secrétariat de régie, gestion administrative du personnel, ces agents assistent les gestionnaires). Les CROUS font aussi appel régulièrement à des personnels sous contrats dits « aidés », du type contrat emploi solidarité (CES), ou « emplois-jeunes », par exemple. On y trouve aussi parfois quelques apprentis.
Les élections des élus étudiants ont lieu tous les deux ans dans chaque académie. Les étudiants (engagés dans tout cursus post-baccalauréat reconnu par l'État et inscrits à la Sécurité Sociale Étudiante) y élisent des représentants au conseil d'administration (CA) du CROUS. Chaque liste comporte deux fois plus de candidats que de sièges étudiants : chaque élu étudiant en CA du CROUS est accompagné d'un suppléant, qui peut siéger en cas d'empêchement du titulaire. Les élus au CA des CROUS élisent eux-mêmes leurs 8 représentants au conseil d'administration du CNOUS.
Ces élections étudiantes font l'objet d'une intense préparation au CNOUS et dans les CROUS pour amener l'augmentation de la participation: distribution de flyers, panneaux placardés dans les universités, encarts publicitaires achetés dans les journaux...Le taux de participation varie entre 4 et 8% suivant les années, il était néanmoins en augmentation jusqu'en 2006. En 2006, les élections, qui ont eu lieu en plein mouvement anti-CPE, ont été fortement perturbées, un certain nombre de points de vote ayant connu un ou plusieurs incidents comme des vol d'urnes et/ou de bulletins, voire une fermeture. Depuis la rentrée 2006, suite aux recours administratifs, de nombreuses élections sont annulées : Versailles, Paris, Dijon, Toulouse, Nancy-Metz, Lyon, etc. Ainsi, de nouvelles élections ont organisées à la fin de l'année 2006, pour que la représentation étudiante aux CROUS (mais pas au CNOUS) soit à l'image des réalités du milieu étudiant.
Le taux de participation varie suivant les académies, au plus bas à Paris (guère plus de 5%), au plus haut dans le Limousin et en Corse (plus de 30%).