Alerte rouge est un jeu de stratégie en temps réel dans lequel le joueur commande une armée et doit récolter des ressources, construire des bases, entraîner des unités et combattre l'armée ennemie.
Le jeu a été salué pour son interface, bien plus développée que les autres jeux de l'époque. Il est par exemple possible de contrôler un nombre illimité d'unités en même temps (contrairement à Warcraft II: Tides of Darkness ou StarCraft), de créer des formations d'unités et d'assigner jusqu'à dix groupes d'unités.
Les batailles d’Alerte rouge se déroulent sur trois théâtres : sur terre, sur mer et dans les airs. Chaque camp (Alliés ou Soviets) peut produire des unités terrestres, aériennes et navales. Chaque camp possède aussi ses propres capacités, et chaque unité ne trouve pas forcément son équivalent dans le camp adverse.
L'équilibre entre les forces Alliés et Soviets était innovant à cette époque.
Contrairement à la série Tibérium dans laquelle le GDI (qui passe pour le gentil) est dotée d'une armée lourde, dans cet opus l'armée Soviet (qui passe pour le méchant) peut être rapprochée du GDI du jeu précédent Conflit du Tibérium en termes de forces. Elle dispose en effet d'unités lourdes et puissamment armées, contrairement aux Alliés qui disposent de forces plus légères et d'unités permettant des actes d'espionnage et de sabotage (tout comme la Confrérie du Nod).
Contrairement à l'équilibrage "pierre-feuille-ciseaux" des jeux récents, Alerte rouge oblige chaque joueur à utiliser les avantages de son camp pour compenser ses faiblesses. Les tacticiens préféreront les Alliés qui se basent sur le camouflage, la rapidité et les capacités spéciales pour vaincre l'ennemi. Les joueurs plus violents choisiront plutôt le camp soviétique avec sa puissance de feu et son blindage lourd.
Cela met Alerte Rouge en exergue par rapport à d'autres jeux du moment comme Total Annihilation ou Warcraft II: Tides of Darkness dans lesquels chaque camp possède pratiquement les mêmes unités.
Les Soviets sont de redoutables combattants au sol grâce à leur force brute : leur Char de combat le plus faible est plus puissant (plus lent, mais avec un plus gros blindage et une puissance de feu supérieure) que le meilleur tank Allié, et ce même s'il est à peine plus cher. Le Tank Mamouth Soviet, en plus d'être puissant, est très polyvalent : il peux aussi tirer des roquettes contre les unités aériennes ou l'infanterie. Le Véhicule lance-missile V2 est aussi un atout pour l'armée soviétique car il envoie un missile très puissant à très longue portée, ce qui peut permettre de détruire les défenses d'une base avant d'y engager des chars. En contre partie, c'est une unité fragile, inefficace à courte portée. En résumé, les Alliés ont un désavantage significatif lors des batailles frontales.
Les unités Alliées ont quelques avantages, puisque leur « char léger » et leur « char moyen » sont plus rapides (ils peuvent éviter les tirs directs s'ils sont en mouvement), ont une cadence de feu plus élevée (ils infligent plus de dommages dans un temps donné, s'ils parviennent à survivre assez longtemps), et sont moins cher et plus rapides à fabriquer. Les tanks moyens sont souvent utilisés comme de la chair à canon, subissant le feu ennemi pendant que les tanks légers, plus rapides, harcellent l'adversaire. L'artillerie allié a plus ou moins les même caractéristiques que le V2 soviet mais coûtent moins cher.
Les Alliés ont aussi des mines anti-tank qui peuvent être posées à des carrefours stratégiques et endommager sévèrement les tanks ennemis. Elles provoquent un dilemme pour le commandant Soviet : les ignorer et prendre le risque d'arriver à l'affrontement avec des tanks en mauvais état, ou nettoyer la zone au préalable en ralentissant sa progression et en ruinant l'effet de surprise.
En ce qui concerne les structures défensives, les Soviets se reposent principalement sur la destructrice bobine de Tesla, puissante à la fois contre les véhicules et l'infanterie. Mais celle-ci est très chère et consomme énormément d'électricité. La destruction de quelques centrales suffit souvent à désactiver toute la défense d'une base soviétique. Leur deuxième structure défensive, la tour lance-flammes, est puissamment blindée, efficace contre l'infanterie mais seulement à courte portée et inefficace contre les véhicules. De plus, elle inflige des dégâts collatéraux à toutes les unités environnantes.
Les Alliés ont le bunker, excellent contre l'infanterie, et la tourelle anti-tank, qui se révèle au final moyennement efficace contre les tanks. Elle est utilisée comme force d'appui autour de laquelle les unités mobiles peuvent se rassembler pour repousser une attaque. Le bunker existe en version camouflée, il est alors plus résistant et ne peut pas être ciblé automatiquement par les unités ennemies. Cette version est beaucoup plus difficile à repérer, même pour son propriétaire.
Les Soviets disposent de plusieurs aéronefs spécialisés : le Yak pour les attaques courtes, spécialement utile pour disperser l'infanterie et détruire les bâtiments légers, le MiG-23 contre les unités blindées, les bateaux et les bâtiments lourds. La construction d'un aéroport donne aussi accès à l'avion espion, aux parachutistes et aux para-bombes, des raids spéciaux qui peuvent être utilisés périodiquement. Les Soviets ont enfin le Hind, un hélicoptère à tout faire dont la mitrailleuse peut être utilisée aussi bien contre l'infanterie que les unités blindées.
Les Alliés disposent seulement d'un hélicoptère, le Longbow, efficace contre les bâtiments et les véhicules blindés. Ses missiles AGM-114 Hellfire sont plus efficaces que le Hind soviet mais sont inutiles face à l'infanterie.
Comme les poseurs de mines, les unités aériennes doivent retourner à leur base pour recharger leur stock de munitions après un raid. Le MiG utilise systématiquement tous ses missiles dans une attaque, sur une seule cible. Le Yak utilise également toutes ses munitions mais couvre une zone de mitraillage plus large. Les deux hélicoptères peuvent contrôler l'utilisation de leurs munitions, mais ils ne peuvent pas décharger leur stock en une fois comme les avions. Les MiG ont incontestablement un avantage car ils se rechargent très rapidement par rapport aux autres unités aériennes (le Yak est le plus lent). De plus, un escadron de six MiG peut détruire n'importe quelle unité ou structure du jeu (y compris les plus lourdes comme le chantier de construction, le croiseur ou le collecteur de minerai). Certains joueurs adoptent d'ailleurs des stratégies presque exclusivement basées sur les MiG, en construisant parfois plusieurs dizaines d'aéroports et en effectuant des raids aériens continuels (les autres unités ne servent qu'à la reconnaissance).
Néanmoins, les Alliés disposent de plusieurs défenses aériennes efficaces : le très destructeur canon anti-aérien (précis et puissant, capable de détruire très rapidement les MiG et Yak soviets au blindage léger, et pouvant donc faire barrage à des raids aériens), les destroyers marins dotés de missiles, et l'infanterie lance-roquettes (qui peut être placée dans un VBT pour plus de mobilité).
Par opposition, le missile SAM soviet, bien que puissant, a une cadence de tir plus lente et ne peut faire face à un raid. Les Soviets manquent d'unités anti-aériennes mobiles. Seuls les tanks Mammouth sont dotés de missiles AA, mais ils sont lents. De plus, leurs unités aériennes sont faiblement blindées, et le remplacement d'un MiG coûte cher.
En multijoueur, les deux armées disposent aussi de l'hélicoptère de transport CH-47 Chinook qui peut contenir cinq unités d'infanterie. Cet hélicoptère n'est pas constructible dans les missions solo mais apparaît souvent.
La bataille navale est un autre aspect du jeu, et les Alliés la dominent.
Les Alliés disposent de trois navires :
Le sous-marin soviétique fait surtout office de contrepoids face à la puissance navale Alliée. Sa discrétion lui permet de se déplacer sans être repéré. Il ne devient vulnérable que lorsqu'il fait surface pour tirer. Ses torpilles ont une longue portée comparé aux charges sous-marines alliées, lui permettant systématiquement de tirer le premier. Les groupes de sous-marins attaquant par surprise peuvent couler un ou deux navires ennemis avant qu'ils puissent répondre. De plus, leur capacité de discrétion oblige les commandants Alliés à déployer leurs unités navales avec précaution, et à fabriquer des navires d'escorte. Si le sous-marin est très endommagé, il met plus de temps à disparaître sous l'eau.
Néanmoins, les Alliés ont d'autres possibilités pour rechercher activement les sous-marins ennemis au lieu de seulement réagir passivement à leurs attaques. Ils peuvent utiliser l’hélicoptère Longbow pour attaquer les sous-marins repérés, et même « nettoyer » des zones maritimes suspectes en ouvrant le feu dessus. Un sous-marin touché fait obligatoirement surface, et n'est pas doté de défenses anti-aériennes. De plus, les torpilles sont lentes et peuvent être évitées en manœuvrant les avisos et les contre-torpilleurs.
La suprématie aérienne des Soviets est sans doute la réponse la plus efficace contre les navires Alliés, même si un raid aérien peut être coûteux en cas de présence de contre-torpilleurs. Les commandants Soviets trouvent néanmoins cette contrepartie attirante car ils peuvent remplacer les MiG plus rapidement que les navires Alliés de même prix. Cela dit, un MiG volant au-dessus de deux contre-torpilleurs pour cibler un croiseur a de grandes chances d'être détruit à la première salve.
L'avantage naval Allié est rendu inutile sur les maps sans eau, ou avec une zone navale trop peu étendue.
La seconde force Alliée est sa capacité de camouflage. Le générateur d'ombre est une structure permettant de générer un brouillard de guerre pour l'adversaire. Elle est particulièrement efficace pour camoufler une base et éviter les raids aériens incessants (on ne peut envoyer une unité aérienne sur une zone recouverte par le brouillard). Les Alliés peuvent également envoyer un satellite GPS pour dévoiler toute la carte. Ils peuvent aussi construire des leurres, des bâtiments ressemblant à des chantiers de construction, des dômes radar, des usines d'armement ou des chantiers navals mais inutilisables, cela afin de tromper l'ennemi sur l'emplacement de leur base.
Enfin, ils disposent de trois unités particulières :
Les principales unités soviétiques pour contrer ces saboteurs sont le poseur de mines anti-infanterie, utilisé pour poser des mines autour des bâtiments cruciaux ou à l'entrée des bases, et le chien d'attaque qui repère les espions. Les Soviets ont aussi des capacités de reconnaissance : l'avion espion qui peut dévoiler périodiquement une zone de la carte, et les parachutistes qui peuvent être déployés partout sur la carte pour récupérer des caisses ou même endommager des zones vulnérables d'une base ennemie.
Chaque camp dispose d'une arme ultime (en multijoueur seulement) : la bombe atomique, une arme dévastatrice qui endommage tout ce qui se trouve dans un écran de jeu.
En plus de celle-ci, ils ont aussi accès à une autre arme spécifique :
Des caisses sont réparties sur la carte (aléatoirement en multijoueur). Elles peuvent contenir :
Comme dans tous les jeux de la série Command & Conquer (sauf Command & Conquer: Generals), les missions en solo sont introduites par des séquences vidéo mélangeant images de synthèse et acteurs professionnels.
Les joueurs peuvent jouer dans le camp des Alliés ou des Soviétiques, sur terre, sur mer, ou dans les airs à travers toute l’Europe.
Le mode multijoueurs permet de jouer jusqu'à huit en réseau local ou sur internet dans les camps suivants :
Chacun des camps ayant des unités spéciales telles que le "Tank Mammouth" pour l'URSS et l'Ukraine. De plus, ces cinq factions ont chacune un bonus (en multijoueur), unités plus puissantes, plus rapides, etc.