De vastes étendues marécageuses sur la pointe sud-est de l'île sont classées réserve naturelle et protégées au niveau international. Elles sont une étape migratoire pour des oiseaux allant de la Sibérie à l'Australie, les spatules à face noire notamment, qui sont une espèce rarissime (seulement un peu plus d'un millier d'individus sauvages subsistant dans le monde). Le choix du site ne semble donc pas judicieux en termes de conservation des espaces naturels. Des professionnels de l'Institut d'Urbanisme de l'Université Tongji, à Shanghai s'interrogent ainsi sur la pertinence du choix du site, alors même que des terres restent à développer dans les districts de Pudong et Nanhui, à l'est de Shanghai. Le directeur de l'institut, Zhao Min, indique : "Je suis contre ce projet comme la plupart de mes collègues ici".
On peut donc s'interroger sur le caractère écologie d'une telle construction en zone marécageuse. Avant même de réaliser les bâtiments, il faudrait mettre en place un système de drainage important (et donc un lourd entretien par la suite) et des fondations tout aussi importantes.
Le bilan carbone de Dongtan sera certes meilleur que celui de la plupart des villes chinoises, mais l’empreinte écologique estimée de ses habitants serait tout de même de 2,2 hectares par personne. Ce chiffre est supérieur à la limite théoriquement soutenable pour notre planète : 1,9 hectares par personne .
La ville créée de toutes pièces n’abritera que très peu d’activités industrielles, qui sont les premières sources de pollution chinoises. On peut donc considérer qu'elle ne fait que contourner le problème de la pollution.
Les populations qui pourront se permettre d'habiter Dongtan seront probablement majoritairement de riches citadins cherchant une qualité de vie supérieure à celle de Shanghaï. Aucun plafond n’a aujourd'hui été fixé pour les prix des loyers, les concepteurs du projet ayant seulement promis 20% de logement social. Dongtan serait donc une ville de privilégiés, ne résolvant en aucun cas les problèmes de pollution auxquels sont confrontées les populations les plus déshéritées.
Enfin, une critique plus globale du projet qui serait une "vitrine écologique" dans un pays abritant 20 des 30 villes les plus polluées de la planète. L'opération est extrêmement ciblée et n'améliorera pas la situation très dégradée des villes chinoises existantes. Des experts estiment que les crédits utilisés pour faire sortir cette ville de terre auraient été plus efficaces dans des campagnes de sensibilisation aux économies d’énergie ou dans des projets urbains écologiques de rénovation des villes existantes.
Début 2007, les travaux de grande ampleur pour la construction de Dongtan n'avaient pas encore réellement démarré. Seuls quelques bureaux de promoteurs, des éoliennes et des serres signalaient le futur emplacement de Dongtan. C'est en mer que les premiers signes d'activité peuvent être décelés : la construction d'un pont à haubans qui, prolongé par un tunnel, reliera Shanghai à Chongming, est déjà en cours.
La ville ne sera finalement pas construite pour l'exposition universelle de 2010, et pour le moment le projet est gelé.