Pour les souches étudiées in vitro :
Chez le chien (comme dans les cas d'ehrlichiose à Ehrlichia canis) ; après et malgré un traitement à la doxycycline, les animaux apparemment guéris peuvent rester porteurs de Ehrlichia chaffeensis et donc contaminer des tiques qui pourront véhiculer la maladie.
Avant 1987, on pensait que la bactérie Ehrlichia sennetsu (du genre Ehrlichia, et de la famille des Anaplasmataceae) était l'unique agent causal d'ehrlichiose chez l'Homme.
On a ensuite découvert d'autres agents microbiens de la même famille (dont Ehrlichia canis).
Différentes souches de cette bactérie ont été identifiées dans les années 1990 dont aux USA la souche Arkansas, génétiquement proche, mais différente (réponses sérologiques différentes) de Ehrlichia canis.
En 1991, Anderson et ses collègues ont proposé de nommer Ehrlichia chaffeensis les bactéries de la souche Arkansas (ou génétiquement très proches de cette souche), maintenant considérées comme appartenant une « nouvelle » espèce, responsable de l'ehrlichiose monocytique humaine. Cette dénomination sera officiellement validée en 1992 (inscription sur la liste de validation no 41). Pour des raisons phylogénétiques, Ehrlichia chaffeensis a alors été classée dans le groupe génomique I de la tribu des Ehrlichieae.
Enfin, en 2001, une réorganisation de l'ordre des Rickettsiales a conduit Dumler et son équipe à supprimer la tribu des Ehrlichieae, à reclasser le genre Ehrlichia dans la famille des Anaplasmataceae et à modifier la description du genre Ehrlichia (maintenant réduit aux seules espèces du groupe génomique I).
C'est aux États-Unis que Ehrlichia chaffeensis a été la plus étudiée mais elle n'est une maladie à déclaration obligatoire que depuis 1998.
Elle semble toujours ou presque toujours transmise par la tique Amblyomma americanum, et a pour principal réservoir le cerf de Virginie (Odocoileus virginianus) qui peut être parasité par les trois stades de la tique (larve, nymphe, et femelle adulte).
Avec le recul des grands prédateurs carnivores, et certains plans ou comportement de chasse (tir sélectif des trophées mâles et conservation d'une proportion artificiellement élevées de femelles) ou l'agrainage, cet animal peut être favorisé, sans que les prédateurs éliminent les animaux affaiblis par des parasitoses ou une surcharge en tiques. La fragmentation des forêts et les pratiques sylvicoles semblent par ailleurs favoriser les tiques, et la pénétration du public (et des chiens) dans les parties profondes de la forêts. Chez la tique vectrice, la « transmission transovarienne » de la bactérie Ehrlichia chaffeensis semble rare ou inexistante (c'est-à-dire pas de passage directe de la mère aux œufs), mais une « transmission transstadiale » (c'est-à-dire que a bactérie est conservée lors du passage du stade larvaire à celui de nymphe, et du stade nympe à celui d'imago ou adulte).
Selon les études de séroprévalence, les rongeurs nord-américains semblent résister à la bactérie Ehrlichia chaffeensis qui n'a jamais été trouvée chez des micromammifères ou petits rongeurs tels que Mus musculus, Oryzomys palustris, Peromyscus leucopus, Rattus norvegicus, Reithrodontomys humulis, Sigmodon hispidus, ni d'ailleurs chez des lagomorphes (Sylvilagus floridanus), pas plus que chez des écureuils (Sciurus carolinensis, Sciurus niger), bien que toutes ces espèces soient couramment parasités par des tiques.
La bactérie est par contre aux USA confirmée chez des animaux plus grands et parfois proches de l'Homme ou domestiqués ; chiens, coyotes, chèvres, ratons laveurs et opossums, et elle a été isolée chez d'autres tiques (Dermacentor variabilis, Ixodes scapularis). Cependant, les écoépidémiologues considèrent que le Cerf de Virginie semble être le réservoir largement prédominant et que les tiques autres qu' Amblyomma americanum jouent un rôle de vecteur bien moins important. Cependant, le rôle de la chèvre (et, peut-être, d'autres herbivores domestiques), en tant qu'espèce-réservoir potentielle, fait l'objet de recherches complémentaires en raison de leur proximité avec l'Homme.