Les Samaritains sont une population ancienne du nord de la Palestine historique, où ils sont historiquement bien identifiés depuis au moins le quatrième siècle avant Jésus-Christ. Ils se définissent comme étant les descendants des tribus d'Ephraïm et de Manassé (deux tribus issues de la Tribu de Joseph) vivant dans le royaume de Samarie avant sa destruction en -722. Pour eux, les Juifs ne sont que les descendants des Israélites de l'ancien royaume sudiste de Juda (ou de Jérusalem).
Une étude de Peidond Shen et de ses collègues en 2004 a comparé l'ADN-Y et l'ADN-mt de 12 hommes Samaritains avec ceux de 158 hommes non Samaritains, répartis entre 6 populations juives (d'origines ashkénaze, marocaine, libyenne, éthiopienne, irakienne et yéménite) et 2 populations non-juives israéliennes (druzes et arabes). L'étude conclut que des ressemblances significatives existent entre les lignées paternelles des Juifs et des Samaritains, mais que les lignées maternelles diffèrent entre les deux populations.
Les Lembas sont des clans dispersés parmi les tribus de langue bantoue au Zimbabwe et au nord de l'Afrique du Sud. La tradition orale fait remonter l'origine des Lembas au juifs de Saana au Yemen. Certaines pratiques rappellent des pratiques juives (circoncision, loi alimentaire, ...). Deux études ont tenté de déterminer l'origine paternelle de ces tribus. La première réalisée par A. Spurdle et T. Jenkins date de 1996 et suggère que plus de la moitié des Lembas testés sont d'origine sémite. La seconde étude de Mark G. Thomas et ses collègues date de 2000 et suggère aussi qu'une partie des Lembas ont une origine sémite qui peut provenir d'un mélange de populations arabes et juives. De plus, les auteurs montrent qu'un des clans lembas (le clan Buba) possède une grande proportion de l'ancien CMH.
D'après une étude de Adams de 2008 les habitants de la péninsule ibérique auraient en moyenne 20% d'ancêtres Juifs séfarades avec des variations géographiques importantes allant de 0% à Minorque à 36.3% dans le Sud du Portugal (le terme séfarade est ici pris dans son sens strict à savoir les Juifs établis dans la péninsule Ibérique avant leur expulsion en 1492). Cette origine pourrait aussi, selon les auteurs, être d'origine néolithique.
Les études dites autosomales portent sur les 22 chromosomes homologues ou autosomes (chromosomes non sexuel) plutôt que sur les lignées maternelles ou paternelles.
Une première étude réalisée en 2001 par N. Rosenberg et ses collègues portant sur 6 populations juives (Pologne, Libye, Éthiopie, Irak, Maroc, Yémen) et deux populations non juives (Palestiniens et Druzes) montre que bien que les 8 populations sont proches, les Juifs de Libye ont une signature génétique distincte provenant de leur isolation génétique et d'un mélange possible avec les populations berbères. Cette même étude suggère une proximité entre les Juifs du Yémen et ceux d'Éthiopie.
Selon une récente étude autosomale de Kopelman et ses collègues (décembre 2009), les Juifs ashkénazes, turcs, marocains et tunisiens, partageraient une origine commune proche-orientale et se montrent assez proches des Palestiniens. Toutefois, dans cette étude, les Juifs tunisiens sont distincts des trois autres populations juives, ce qui pourrait laisser suggérer, selon les auteurs, une isolation génétique plus importante et/ou une contribution significative des populations locales berbères comme dans le cas des Juifs libyens. Dans cette étude, les auteurs précisent également, concernant l'hypothèse de l'origine Khazar des Juifs ashkénazes, que s'ils n'ont pas détecté de différences entres les Juifs ashkénazes et les autres populations juives pouvant confirmer cette hypothèse, ils ont néanmoins détecté une similarité entre les Adyguéens (groupe du Caucase dont le territoire a été autrefois occupé par les Khazars) et les populations juives étudiées comme cela avait été observé par Need et al. dans une autre étude.
Une autre étude de L. Hao et ses collègues (oct. 2009) ayant étudié sept groupes de populations juives d'origine géographique différente (Ashkenazes, Italiens, Grecs, Turcs, Iraniens, Irakiens et Syriens) a montré que ces populations partageaient toutes une origine proche-orientale commune bien que génétiquement distinguables les unes des autres, cette distinction reflétant des mélanges avec les différentes populations locales. Ainsi, parmi ces populations juives étudiées, les auteurs ont détecté une contribution européenne variant de 30% à 60% chez les juifs syriens, séfarades et ashkénazes et pratiquement absente chez les juifs iraniens et irakiens. En juin 2010, les mêmes auteurs (G. Atzmon et ses collègues) « démontrent que les juifs européens/syriens et les Juifs du Moyen-Orient représentent une série d'isolats géographiques ou des groupes liés ensembles par des IBD (identtity by descent) partagés. En outre, la proximité génétique des populations juives européennes et syrienne, y compris les Juifs ashkénazes, les unes aux autres et avec les Français, les Italiens du Nord, et les populations Sardes favorise l'idée d'une ascendance méditerranéenne non-sémitique dans la formation des populations juives d'Europe et est incompatible avec les théories que les Juifs ashkénazes sont pour la plupart, les descendants directs des Khazars ou des Slaves convertis. » D'autres auteurs avaient déjà montré la proximité génétique entre les juifs ashkénazes et les populations du sud de l'Europe (Cf. tableau ci-dessous).
Italiens | Grecs | Espagnols | Allemands | Druzes | Palestiniens | Irlandais | Russes | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ashkénazes | 0.0040 | 0.0042 | 0.0056 | 0.0072 | 0.0088 | 0.0108 | 0.0109 | 0.0137 |
En juin 2010, Behar et ses collègues ont étudié 14 populations juives. Ils « montrent que la plupart des Juifs (échantillonnés pour son étude) forment un sous-groupe remarquablement étroit qui recouvre les Druzes et les Chypriotes, mais pas les échantillons provenant d'autres populations du Levant ni les populations d'accueil de la diaspora. En revanche, les Juifs éthiopiens (Falashas) et les Juifs d'Inde (Bene Israël et Cochini) sont regroupés avec les populations autochtones éthiopiennes et d'Inde occidentale, respectivement, en dépit d'un lien clair entre le patrimoine génétique paternel des Bene Israël et le Levant. [...] L'explication la plus prudente de ces observations est une origine génétique commune, ce qui est cohérent avec une formation historique du peuple juif en tant que descendant des anciens Hébreux et des résidents d'Israël du Levant. » Contrairement à G. Atzmon, D. Behar ne montre pas de lien entre les populations juives et les populations non sémites du bassin méditerranéen.