La liberté de l'Institution exige et suppose le respect de la liberté académique, collective et individuelle, d'enseignement et de recherche.
Ces libertés — institutionnelle et académique — s'exercent de manière responsable ; elles concourent à la réalisation des missions de l'Université et se concilient avec les contraintes statutaires et légales.
Les FUNDP constituent une communauté collégiale et solidaire qui rassemble les étudiants, les enseignants, assistants et chercheurs, les membres du personnel administratif, technique et ouvrier. Ceux-ci, collectivement, et en dialogue avec la Compagnie de Jésus, Pouvoir organisateur, œuvrent à la réalisation des missions de l'Université.
La formation d'étudiants et de chercheurs qui soient des acteurs responsables dans la société constitue l'objectif premier de l'Université. À cet égard, les FUNDP sont, au sens de la tradition universitaire européenne, « un lieu de rencontre privilégié entre professeurs, ayant la capacité de transmettre le savoir et les moyens de le développer par la recherche et l'innovation, et étudiants, ayant le droit, la volonté et la capacité de s'en enrichir ».
L'enseignement et la recherche ont pour objectif respectif la diffusion de savoirs tenus pour valides et la construction de nouveaux savoirs. Les FUNDP privilégient à la fois un enseignement de qualité portant sur des concepts fondateurs de la connaissance, et des recherches qui allient excellence et préoccupation du long terme.
La démarche universitaire exige, dans chaque discipline, la critique continue des objectifs et méthodes de l'enseignement et de la recherche. Les FUNDP se dotent de lieux où s'exerce cette critique et insistent pour que celle-ci prenne aussi en considération les enjeux humains et sociaux de la science et de la technique. Elles cherchent à surmonter la division et l'émiettement des savoirs en stimulant la critique épistémologique et l'interdisciplinarité.
L'universalité de l'enseignement et de la recherche et la mondialisation des problèmes de société exigent l'ouverture mutuelle des universités. Les FUNDP participent et collaborent à des réseaux internationaux, en particulier à celui des universités jésuites.
En liaison avec l'enseignement et la recherche et dans le respect de sa démarche propre et de son indépendance, l'Université interpelle la Société et répond aux interpellations de celle-ci. Ainsi, les FUNDP se veulent un ferment pour leur région : elles entendent collaborer à son développement culturel, social, politique et économique, en partenariat avec les acteurs locaux. Elles suscitent au sein et au-delà de la communauté universitaire l'analyse des problèmes majeurs de société, en particulier celui de l'inégalité entre les hommes et entre les peuples.
La communauté universitaire des FUNDP hérite des valeurs issues de la tradition humaniste et jésuite. Forte du pluralisme d'opinion de ses membres, elle puise dans cette tradition l'inspiration et l'interprétation de ses missions.
Dans cet esprit, les FUNDP veulent former des hommes et des femmes tolérants et soucieux des autres, responsables et autonomes, capables, en toute liberté, de porter un jugement et de faire des choix.
Dans le même esprit, elles dispensent une formation qui accorde toute son importance à la réflexion sur le sens de l'homme, de sa vie et de sa mort, de son œuvre, de son histoire, et sur les valeurs constitutives de la société dans laquelle il vit.
Les FUNDP organisent le dialogue entre science, technique, culture et foi dans une perspective d'enrichissement réciproque et invitent les membres de la communauté universitaire à y participer. Libres et autonomes, elles contribuent à faire entendre au sein de la société en général, de la communauté chrétienne en particulier, les interpellations de la science à propos des problèmes d'aujourd'hui ; elles veillent à promouvoir au sein de la communauté scientifique une articulation des savoirs avec les valeurs de l'Évangile. Les FUNDP prévoient, en outre, des lieux pour que puisse être proposé à la communauté universitaire le message de l'Évangile.
L'héritage humaniste et jésuite se traduit, pour les FUNDP, par une ouverture confiante au monde et une attention à l'homme. Dans un esprit de promotion de la justice, elles accordent un souci particulier à ceux que l'histoire humaine a rendus pauvres, fragiles, opprimés. Au sein de la communauté universitaire, l'attention à l'homme se vit dans le respect, la confiance et la reconnaissance de la contribution de chacun à l'œuvre commune.